公开(公告)号：CN114373509B

公开(公告)日：2024-10-29

申请号：CN202111569787.X

申请日：2021-12-21

Applicant: 南京邮电大学 ,  南京趣集客信息技术有限公司

Inventor： 吴建盛 ,  丁季 ,  唐诗迪 ,  陈睿祺 ,  胡海峰 ,  朱燕翔

IPC: G16B35/10

Abstract: 本发明公开了一种基于GPU加速AutoDock Vina的方法及实现，该方法通过增加初始随机配体构象的数目来扩展蒙特卡罗的迭代局部搜索方法中对接线程的并行规模，减少蒙特卡罗的迭代局部搜索方法中的搜索步数，利用OpenCL实现AutoDock Vina中CPU和GPU异构并行结构以此达到更高水平的并行和加速能力。现代药物筛选需要面对海量的化合物数据，目前的分子对接技术无法满足现实需求。采用本发明的方法，可以在保证不损失对接精度的同时大幅加快分子对接和虚拟筛选的速度，满足大型化合物数据库分子对接的实际需求。

公开(公告)号：CN114373509A

公开(公告)日：2022-04-19

申请号：CN202111569787.X

申请日：2021-12-21

Applicant: 南京邮电大学 ,  南京趣集客信息技术有限公司

Inventor： 吴建盛 ,  丁季 ,  唐诗迪 ,  陈睿祺 ,  胡海峰 ,  朱燕翔

IPC: G16B35/10

Abstract: 本发明公开了一种基于GPU加速AutoDock Vina的方法及实现，该方法通过增加初始随机配体构象的数目来扩展蒙特卡罗的迭代局部搜索方法中对接线程的并行规模，减少蒙特卡罗的迭代局部搜索方法中的搜索步数，利用OpenCL实现AutoDock Vina中CPU和GPU异构并行结构以此达到更高水平的并行和加速能力。现代药物筛选需要面对海量的化合物数据，目前的分子对接技术无法满足现实需求。采用本发明的方法，可以在保证不损失对接精度的同时大幅加快分子对接和虚拟筛选的速度，满足大型化合物数据库分子对接的实际需求。