一种基于circRNA位置信息预测RNA结合蛋白的方法

    公开(公告)号:CN113096729A

    公开(公告)日:2021-07-09

    申请号:CN202110333465.9

    申请日:2021-03-29

    Abstract: 本发明涉及基因工程技术领域,特别涉及一种基于circRNA位置信息预测RNA结合蛋白的方法。本发明基于circRNA染色体位置信息,得到circRNA同方向起始位置前100个碱基的染色体位置信息,然后在Linux系统上利用生物信息学软件bedtools获得circRNA同方向前侧位置序列,并进一步得到circRNA同方向前侧位置序列的motif;从已知数据库中下载已知蛋白质的motif的meme格式文件,将其与circRNA同方向前侧位置序列的motif进行比对、匹配,进而得到circRNA的RNA结合蛋白。该方法能够批量预测circRNA的RBP,不受数量和物种的限制。

    猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记与应用

    公开(公告)号:CN110257529A

    公开(公告)日:2019-09-20

    申请号:CN201910385368.7

    申请日:2019-05-09

    Abstract: 本发明属于分子生物技术和分子标记技术领域,具体涉及一种猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记与应用。所述的分子标记的SNP位点对应于国际猪基因组11.1版本参考序列6号染色体上第47357966位T>C突变,本发明还提供了一种用于鉴定猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记的引物对。本发明通过优选该SNP的优势等位基因,能够逐代增加优势等位基因频率,提高种猪瘦肉率、增大眼肌面积和眼肌厚度,协同选育上述三个性状的优良种猪,加快猪遗传改良进展从而有效提高种猪育种的经济效益。

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