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公开(公告)号：CN115992267A
公开(公告)日：2023-04-21
申请号：CN202210832657.9
申请日：2022-07-15
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 北京金匙医学检验实验室有限公司
IPC: C12Q1/689 , C12N15/11 , C12Q1/6869 , C12R1/01 , C12R1/185 , C12R1/22 , C12R1/32 , C12R1/38 , C12R1/44 , C12R1/46 , C12R1/445
Abstract: 本发明“一种高通量高精度检出多种病原微生物的引物组合”属于分子生物学领域。所述一种高通量高精度检出多种病原微生物的引物组合，其特征在于，包括：引物池1、引物池2、引物池3；所述引物池1由引物对1、引物对2、引物对3、引物对4、引物组5组成；所述引物池2由引物对6、引物对7、引物对8、引物对9组成；所述引物池3由引物对10、引物组11、引物对12、引物对13、引物对14、引物对15、引物对16组成。基于本发明的引物组合构建的引物池可同时检测高达20种以上的微生物，且对无论人源样本还是微生物样本或质粒样本都能达到较高的灵敏度和精确度。
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公开(公告)号：CN115798574A
公开(公告)日：2023-03-14
申请号：CN202310065167.5
申请日：2023-02-06
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 杭州杰毅生物技术有限公司
Abstract: 本发明一种预测克雷伯氏菌属对美罗培南敏感性的系统及方法属于生物信息技术领域。所述系统包括：计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序；所述计算机程序被处理器执行时实现一种Exp(‑k)幂值计算方法；所述Exp(‑k)幂值计算方法按下述计算步骤计算：S1：按下述公式I计算k值：公式I：；S2：求取以自然常数e为底数、以‑k为指数的Exp(‑k)幂值；其中C1‑C5分别为mphA、marA、Klebsiella pneumoniae KpnE、KPC‑1、floR基因在待预测的克雷伯氏菌属菌株中的拷贝数。采用本发明的预测方法和预测系统进行克雷伯氏菌属对美罗培南敏感性的预测的准确率约99.4%。
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公开(公告)号：CN112538541B
公开(公告)日：2022-10-14
申请号：CN202011356488.3
申请日：2020-11-26
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院
Abstract: 本公开涉及一种用于胞内分枝杆菌检测的试剂盒及系统，该试剂盒包括用于检测分子标志物的试剂，其中，所述分子标志物包括mnhF1基因、codA基因、dmlR基因、acpM C180G位点和sdhA C348G位点中的至少一种。通过识别上述分子标志物，本公开能够实现胞内分枝杆菌的精确检测。
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公开(公告)号：CN114496085B
公开(公告)日：2022-07-05
申请号：CN202210392556.4
申请日：2022-04-15
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 广州微远基因科技有限公司
Abstract: 本发明涉及一种病原微生物宏基因组生信分析参考品及其制备方法和应用，属于基因检测技术领域。该方法包括以下步骤：建立丰度分布模型：收集临床样本的宏基因组检测数据，建立自变量为测序序列数目因变量为相对丰度的高斯回归模型；标准化高通量测序数据生成：获取参考基因组序列，模拟生成每种微生物物种预定读长和预定测序错误率的高通量序列数据；Gamma‑泊松分布模型：以Gamma‑泊松分布模型拟合临床样本的宏基因组检测数据；参考品制备：以Gamma‑泊松分布模型随机产生一组模拟样本序列数据，并从标准化高通量测序数据中随机挑选相同数目的测序数据，即得。采用该方法得到的生信分析参考品，可全面地评估生物信息分析流程的灵敏度、特异度、召回率和准确性。
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公开(公告)号：CN114496085A
公开(公告)日：2022-05-13
申请号：CN202210392556.4
申请日：2022-04-15
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 广州微远基因科技有限公司
Abstract: 本发明涉及一种病原微生物宏基因组生信分析参考品及其制备方法和应用，属于基因检测技术领域。该方法包括以下步骤：建立丰度分布模型：收集临床样本的宏基因组检测数据，建立自变量为测序序列数目因变量为相对丰度的高斯回归模型；标准化高通量测序数据生成：获取参考基因组序列，模拟生成每种微生物物种预定读长和预定测序错误率的高通量序列数据；Gamma‑泊松分布模型：以Gamma‑泊松分布模型拟合临床样本的宏基因组检测数据；参考品制备：以Gamma‑泊松分布模型随机产生一组模拟样本序列数据，并从标准化高通量测序数据中随机挑选相同数目的测序数据，即得。采用该方法得到的生信分析参考品，可全面地评估生物信息分析流程的灵敏度、特异度、召回率和准确性。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN113151598B
公开(公告)日：2022-05-03
申请号：CN202110423087.3
申请日：2021-04-20
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 杭州杰毅生物技术有限公司
IPC: C12Q1/70 , C12Q1/6869 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种呼吸道RNA病原体(甲流、乙流、合胞病毒、新冠)NGS引物组及试剂盒，所述引物组由594条引物序列组成。本发明针对甲流、乙流、合胞病毒和新型冠状病毒基因组特定设计了594个引物，覆盖整个病毒基因组，提高了病毒的检测并大大提高了病毒基因组序列全长检测的可能，无需PCR扩增即可快速实现病毒基因组全覆盖。
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公开(公告)号：CN112899384A
公开(公告)日：2021-06-04
申请号：CN202110220226.2
申请日：2021-02-26
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院
IPC: C12Q1/689 , C12Q1/6869 , C12Q1/04 , C12N15/11
Abstract: 本公开涉及用于检测分子标志物的试剂在制备用于检测ST11型高毒力碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的试剂盒中的用途、用于检测ST11型高毒力碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的试剂盒、核酸试剂及系统，其中，所述分子标志物包括plt‑1基因，所述plt‑1基因的核酸序列如SEQ ID NO.1所示。本公开将plt‑1基因作为ST11型Hv‑CRKp检测的特异性新型高毒力基因，将其作为ST11型碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌高毒力检测的分子标志物，通过识别ST11型碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌中是否存在plt‑1基因，能够准确区分ST11型Hv‑CRKp与传统的ST11型碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌。
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公开(公告)号：CN112538541A
公开(公告)日：2021-03-23
申请号：CN202011356488.3
申请日：2020-11-26
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院
Abstract: 本公开涉及一种用于胞内分枝杆菌检测的试剂盒及系统，该试剂盒包括用于检测分子标志物的试剂，其中，所述分子标志物包括mnhF1基因、codA基因、dmlR基因、acpM C180G位点和sdhA C348G位点中的至少一种。通过识别上述分子标志物，本公开能够实现胞内分枝杆菌的精确检测。
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公开(公告)号：CN110438247B
公开(公告)日：2021-02-05
申请号：CN201910770927.6
申请日：2019-08-20
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 北京卓诚惠生生物科技股份有限公司
Abstract: 本公开涉及一种用于检测大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌及其毒力因子和耐药基因的核酸试剂、试剂盒、系统及方法，所述核酸试剂包括分别彼此独立存放或互相任意混合存放的SEQIDNO.1‑26所示的引物和SEQIDNO.29‑41所示的探针。本公开通过以上所述的引物和探针建立了检测大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌及其携带的6种毒力因子和5种耐药基因的核酸试剂、试剂盒、系统及方法，能够实现快速、全面、敏感、特异、自动的检测结果判定，显著提高了对上述目标检测基因同时进行检测的敏感性、特异性和简便性。
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公开(公告)号：CN110438247A
公开(公告)日：2019-11-12
申请号：CN201910770927.6
申请日：2019-08-20
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 北京卓诚惠生生物科技股份有限公司
Abstract: 本公开涉及一种用于检测大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌及其毒力因子和耐药基因的核酸试剂、试剂盒、系统及方法，所述核酸试剂包括分别彼此独立存放或互相任意混合存放的SEQIDNO.1-26所示的引物和SEQIDNO.29-41所示的探针。本公开通过以上所述的引物和探针建立了检测大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌及其携带的6种毒力因子和5种耐药基因的核酸试剂、试剂盒、系统及方法，能够实现快速、全面、敏感、特异、自动的检测结果判定，显著提高了对上述目标检测基因同时进行检测的敏感性、特异性和简便性。
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