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公开(公告)号：CN114592036A
公开(公告)日：2022-06-07
申请号：CN202210351202.5
申请日：2022-04-02
Applicant: 予果生物科技(北京)有限公司 , 西咸新区予果微码生物科技有限公司 , 予果智造科技(北京)有限公司
IPC: C12Q1/6806
Abstract: 本发明提供了一种放线菌核酸提取检测试剂、试剂盒及其方法和应用，所述提取检测试剂含有InstaGeneMatrix、Tris‑HCl、SDS、KCl和EDTA，本发明能够实现快速高效提取结核分枝杆菌核酸DNA，将结核分枝杆菌的提取检测限提高到8拷贝数/ml；从复杂样本中亦能快速高效提取到结核分枝杆菌核酸，验证了本提取方法潜在的临床适用性。
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公开(公告)号：CN114591945A
公开(公告)日：2022-06-07
申请号：CN202210351200.6
申请日：2022-04-02
Applicant: 予果生物科技(北京)有限公司 , 西咸新区予果微码生物科技有限公司 , 予果智造科技(北京)有限公司
IPC: C12N15/10 , C12Q1/6806 , C12Q1/70 , C12Q1/6851 , C12N15/11
Abstract: 本发明提供了一种DNA病毒核酸提取检测试剂、试剂盒及其方法和应用，所述提取检测试剂由InstaGeneMatrix、Tris‑HCl、SDS、KCl、EDTA和Sarkosyl组成，本发明能够实现快速高效提取EBV核酸，将EBV的提取检测限提高到100拷贝数/ml；从复杂样本中亦能快速高效提取到EBV核酸，验证了本提取方法潜在的临床适用性。
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公开(公告)号：CN118222731A
公开(公告)日：2024-06-21
申请号：CN202410163317.0
申请日：2024-02-05
Applicant: 首都医科大学附属北京儿童医院 , 予果生物科技(北京)有限公司
Abstract: 本发明属于生物检测技术领域，涉及基于高通量靶向测序检测血流感染病原的引物组及应用。本发明提供的基于高通量靶向测序检测血流感染病原的引物组包括F1～F5的上游引物和编号为R1～R5的下游引物，每条所述引物从5’端到3’端依次包括桥接DNA序列和靶向不同血流感染病原的特异性序列。采用所述多重PCR引物组，能够同时检测多种血流感染病原体，灵敏度高，准确性好。通过临床样本核酸提取、鉴定序列靶向扩增、产物末端修复、连接标签、连接测序接头、测序与数据分析等步骤，在6～8小时即可完成病原微生物的检测。
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公开(公告)号：CN117854593A
公开(公告)日：2024-04-09
申请号：CN202311702463.8
申请日：2023-12-12
Applicant: 予果生物科技(北京)有限公司 , 予果智造科技(北京)有限公司 , 西咸新区予果微码生物科技有限公司
Abstract: 本申请公开了一种靶向测序数据分析方法、系统及计算机存储介质，方法包括：获取靶向测序数据；将靶向测序数据与参考数据库中的靶向数据进行比对，确定靶向测序数据的初步注释；对靶向测序数据进行聚类，获得多个数据簇；在数据簇中寻找目标标签，根据是否存在目标标签将数据簇分为含标签簇和不含标签簇；采用初步注释对含标签簇进行联合分析，获得含标签簇的最终注释。本申请降低了病原体检测所需的测序数据量，通过聚类偏移比对等生物信息学技术实现了数据校正，达到了快速准确的病原体检测的目的，极大缩短病原体检测所需要的时间和成本。
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公开(公告)号：CN116959580A
公开(公告)日：2023-10-27
申请号：CN202311109674.0
申请日：2023-08-30
Applicant: 予果生物科技(北京)有限公司 , 西咸新区予果微码生物科技有限公司 , 予果智造科技(北京)有限公司
IPC: G16B30/10 , G16B20/00 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明公开了一种基于靶向高通量测序序列的比对方法及其应用，该方法包括：构建物种序列数据库，获取带有引物的测序序列，去除测序序列的测序接头，定位引物在测序序列中的位置，将测序序列分类后提取潜在扩增目标序列的测序序列，将潜在扩增目标序列的测序序列比对到物种序列数据库中，确定测序序列的物种来源，将未比对到物种数据库的测序序列进一步比对到人源基因组中，最终将分析结果汇总。对比对区域的序列覆盖度、比对结果的期望值和比对区域的错配碱基数目进行阈值限定，同时满足三种阈值即得到测序序列对应的物种来源。本发明为快速鉴定病原微生物、降低鉴定错误、辅助优化引物设计以及实验流程提供一种测序序列的比对方法。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN114574606B
公开(公告)日：2023-04-28
申请号：CN202210351201.0
申请日：2022-04-02
Applicant: 予果生物科技(北京)有限公司 , 西咸新区予果微码生物科技有限公司 , 予果智造科技(北京)有限公司
IPC: C12Q1/689 , C12Q1/6869 , C12Q1/6811 , C12Q1/6806 , C12N15/11 , C40B50/06 , G16B30/00 , G16B40/00 , C12R1/32
Abstract: 本发明提供了一种检测宏基因组中结核分枝杆菌的引物组，所述引物组包括至少36对引物组，每对所述引物对由正向引物与反向引物组成，所述引物对选自SEQIDNO：1～72所示核苷酸；所述核苷酸是结核分枝杆菌特异性基因IS6110引物组。本发明提供的检测宏基因组中结核分枝杆菌的引物组及高通量测序方法能够快速高效设计特异性引物，为鉴定出整个基因或者基因组的变异情况提供了高效方法。本发明的方法相较于传统mNGS方法，提高了结核分枝杆菌的检测灵敏度80倍以上。
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公开(公告)号：CN114350769B
公开(公告)日：2022-12-30
申请号：CN202111482943.9
申请日：2021-12-07
Applicant: 予果生物科技(北京)有限公司 , 西咸新区予果微码生物科技有限公司 , 予果智造科技(北京)有限公司
IPC: C12Q1/6869 , G16B30/10 , G16B40/10
Abstract: 本发明提供了一种基于Nanopore测序技术特征化细菌DNA甲基化的方法和应用，属于生物信息技术领域，包括如下步骤：获取目标菌株的Nanopore测序fast5和fastq数据，对测序数据进行质控；获取目标菌株参考基因组，利用nanopolish或tombo软件获得不同修饰类型位点的全基因组范围的DNA甲基化水平；特征化细菌的DNA甲基化模式，深入阐述基于DNA甲基化的表观遗传的调控机制。本发明提供的方法可以帮助全面特征化细菌的DNA甲基化图谱，探索之前隐藏的细菌领域的表观遗传调控机制，具有重要的应用价值。
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公开(公告)号：CN114561380B
公开(公告)日：2022-12-16
申请号：CN202210351969.8
申请日：2022-04-02
Applicant: 予果生物科技(北京)有限公司 , 西咸新区予果微码生物科技有限公司 , 予果智造科技(北京)有限公司
Abstract: 本发明提供了一种用于细菌核酸提取检测试剂、试剂盒及其方法和应用，所述提取检测试剂含有InstaGeneMatrix、SDS、KCl、EDTA和Sarkosyl，本发明能够实现快速高效提取大肠杆菌核酸DNA，将大肠杆菌的提取检测限提高到100拷贝数/ml；从复杂样本中亦能快速高效提取到大肠杆菌核酸，验证了本提取方法潜在的临床适用性。
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公开(公告)号：CN114574606A
公开(公告)日：2022-06-03
申请号：CN202210351201.0
申请日：2022-04-02
Applicant: 予果生物科技(北京)有限公司 , 西咸新区予果微码生物科技有限公司 , 予果智造科技(北京)有限公司
IPC: C12Q1/689 , C12Q1/6869 , C12Q1/6811 , C12Q1/6806 , C12N15/11 , C40B50/06 , G16B30/00 , G16B40/00 , C12R1/32
Abstract: 本发明提供了一种检测宏基因组中结核分枝杆菌的引物组，所述引物组包括至少36对引物组，每对所述引物对由正向引物与反向引物组成，所述引物对选自SEQIDNO：1～72所示核苷酸；所述核苷酸是结核分枝杆菌特异性基因IS6110引物组。本发明提供的检测宏基因组中结核分枝杆菌的引物组及高通量测序方法能够快速高效设计特异性引物，为鉴定出整个基因或者基因组的变异情况提供了高效方法。本发明的方法相较于传统mNGS方法，提高了结核分枝杆菌的检测灵敏度80倍以上。
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公开(公告)号：CN114388062A
公开(公告)日：2022-04-22
申请号：CN202111554153.7
申请日：2021-12-17
Applicant: 予果生物科技(北京)有限公司 , 西咸新区予果微码生物科技有限公司 , 予果智造科技(北京)有限公司
Abstract: 本发明提供了一种基于机器学习预测抗生素抗性表型的方法、设备及应用，包括获得基因组数据集和抗生素的抗性表型并将其处理成矩阵格式；将菌株数据集合随机分为训练集和测试集；筛选对抗性表型预测起到重要作用的特征；采用交叉验证的方法得到最优参数；基于最优参数重新构建训练集模型，并应用于测试集评估模型最终的性能评估；本发明整合快速发展的基因组测序技术积累的大量菌株的多组学数据和全球多实验室公开的抗生素抗性数据，通过机器学习算法预测细菌的耐药表型，从而在无需药敏实验的情况下利用机器学习方法根据基因组数据来预测细菌的抗生素抗性表型，提示临床个体化用药，并有效遏制因不合理使用抗生素导致新耐药表型的产生和传播。
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