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公开(公告)号：CN114822697A
公开(公告)日：2022-07-29
申请号：CN202210310443.5
申请日：2022-03-28
Applicant: 南京农业大学
Abstract: 本发明公开了一种利用宏基因组分析溯源土壤耐药基因污染的方法，其步骤为：步骤一、构建非冗余耐药基因集溯源数据库；步骤二、封装非冗余耐药基因集溯源数据库；步骤三、土壤样品DNA抽提和建库；步骤四、采用Illumina测序技术完成土壤样品的宏基因组测序；步骤五、对测序数据进行质控并去除人类基因组污染，获取质控数据；步骤六、对质控数据进行耐药基因定量分析；步骤七、不同样品的耐药基因丰度总体比较分析并可视化。本发明不仅可以用于宏基因组质控数据的ARGs物种溯源定量分析，还可以使用该数据库进行ARGs注释；对微生物基因组序列进行ARGs注释时甚至可以评估其所携带的ARGs宿主来源，为抗性基因水平基因组转移等相关研究提供了技术支撑。
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公开(公告)号：CN118853501B
公开(公告)日：2025-02-07
申请号：CN202411272495.3
申请日：2024-09-11
Applicant: 南京农业大学
Abstract: 本发明公开了一株阻控土壤致病菌传播ARGs的芽孢杆菌BAC4，分类命名为假真菌样芽孢杆菌(Bacillus pseudomycoides)，菌种保藏号为CGMCC NO.30925。在芽孢杆菌BAC4或其发酵液处理下，致病菌向受体菌株跨种传播ARGs的频率显著降低。本发明还公开了所述的芽孢杆菌BAC4在阻控土壤致病菌传播ARGs的应用。
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公开(公告)号：CN117431193A
公开(公告)日：2024-01-23
申请号：CN202311758216.X
申请日：2023-12-20
Applicant: 南京农业大学三亚研究院
IPC: C12N1/20 , C12N1/38 , A01G7/06 , A01G17/00 , C05F11/08 , C05G3/00 , C05G3/80 , C05G5/20 , A01N63/27 , A01P21/00 , C12R1/38
Abstract: 本发明涉及微生物技术领域，特别涉及假单胞菌新菌株CD1及其生长促进剂和应用，本发明筛选出的菌株CD1经鉴定，其分类为假单胞菌，能有效促进梨树生长并具有良好的解磷能力，经过试剂优选和优化发现褐藻寡糖能有效促进假单胞菌CD1的生长，经过对梨树的种植实验发现：在梨苗根部灌溉假单胞菌CD1与褐藻寡糖复配液后，能显著提升梨苗的生长效果；田间实验也发现，灌溉假单胞菌CD1与褐藻寡糖复配液后，能显著提升梨果实的大小和品质，比单独使用假单胞菌株CD1要更好。由此说明褐藻寡糖能做为假单胞菌CD1的生长促进剂，能协同作用于梨树，可以联合制备成梨树绿色增效肥料，减少梨树对化肥的依赖。
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公开(公告)号：CN114807196B
公开(公告)日：2023-08-15
申请号：CN202210321403.0
申请日：2022-03-30
Applicant: 南京农业大学
Abstract: 本发明公开了一种追踪土传植物致病菌传播耐药基因的荧光标记方法，通过荧光标记技术、乳糖操纵子技术和聚合酶链式反应技术结合，在植物致病菌基因组中glms基因后插入调节基因（lacI）和红色荧光基因；将含有LacI阻遏蛋白结合位点的lacZ启动子区域与绿色荧光基因的多重抗性可转移质粒转入至植物致病菌，植物致病菌仅红色荧光表达。通过植物致病菌跨种属传播ARGs评估方法，供体菌株体内抗性质粒转移至受体菌株，质粒荧光表达抑制解除，通过荧光显微镜和高通量流式细胞仪可进行分选回收。这种方法能追踪区分供受体菌株，有利于评价土传植物致病菌与ARGs的互作机制，为土传病害阻控策略的制定提供理论依据。
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公开(公告)号：CN114974410A
公开(公告)日：2022-08-30
申请号：CN202210596560.2
申请日：2022-05-30
Applicant: 南京农业大学
Abstract: 本发明公开了一种土壤细菌可移动遗传元件的宏基因组溯源分析方法，其步骤为：步骤一、构建MGEs数据库；步骤二、构建非冗余蛋白质集合；步骤三、使用Reads Mapping的方法对非冗余蛋白质集合进行MGEs信息注释，获取MGEs物种溯源信息；步骤四、通过筛选并去除冗余后构建MGEs物种溯源数据库；步骤五、对MGEs物种溯源数据库封装，搭建分析平台；步骤六、采集环境样品进行DNA抽提建库，用Illumina测序技术进行宏基因组测序分析，获取原始数据；步骤七、原始数据使用FastQC进行质控并去除人类基因组污染，获取质控数据Cleandata；步骤八、质控数据输入分析平台，获取MGEs物种溯源丰度表。本发明大大提高了MGEs分析的速度以及准确性，实现了基于宏基因组测序数据进行MGEs物种溯源的快速分析。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN114807196A
公开(公告)日：2022-07-29
申请号：CN202210321403.0
申请日：2022-03-30
Applicant: 南京农业大学
Abstract: 本发明公开了一种追踪土传植物致病菌传播耐药基因的荧光标记方法，通过荧光标记技术、乳糖操纵子技术和聚合酶链式反应技术结合，在植物致病菌基因组中glms基因后插入调节基因（lacI）和红色荧光基因；将含有LacI阻遏蛋白结合位点的lacZ启动子区域与绿色荧光基因的多重抗性可转移质粒转入至植物致病菌，植物致病菌仅红色荧光表达。通过植物致病菌跨种属传播ARGs评估方法，供体菌株体内抗性质粒转移至受体菌株，质粒荧光表达抑制解除，通过荧光显微镜和高通量流式细胞仪可进行分选回收。这种方法能追踪区分供受体菌株，有利于评价土传植物致病菌与ARGs的互作机制，为土传病害阻控策略的制定提供理论依据。
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公开(公告)号：CN114703265A
公开(公告)日：2022-07-05
申请号：CN202210309960.0
申请日：2022-03-28
Applicant: 南京农业大学
IPC: C12Q1/6869 , C12Q1/689 , G16B30/00 , G16B50/00
Abstract: 本发明公开了一种基于16SrRNA扩增子测序检测土壤致病细菌生物污染的方法，其包括步骤为：步骤一、构建土壤非冗余致病细菌数据库；步骤二、完成对土壤/植物样品DNA的提取；步骤三、完成样品的16S rRNA基因测序，获得测序下机数据；步骤四、采用DADA2分析流程封装土壤非冗余致病细菌库，获得代表性序列；步骤五、将代表性序列与土壤非冗余致病菌数据库比对注释致病细菌，得到最终的ASV物种表，通过R语言对ASV物种表中不同样品的致病细菌组成、多样性特征等进行可视化作图。本发明能快速、精准检测致病菌，且不易受到样品污染的影响，可而可实现快速、全面、准确检测致病菌的目标。
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公开(公告)号：CN109294921B
公开(公告)日：2021-08-10
申请号：CN201810822897.4
申请日：2018-07-25
Applicant: 南京农业大学 , 张家港市鸿屹水产养殖有限公司
IPC: C12N1/14 , C02F3/34 , C12R1/645 , C02F101/16
Abstract: 本发明公开一种东方伊萨酵母菌株ZT‑C2及其应用，除硫脱氮菌ZT‑C2，于2018年6月25日保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，菌种保藏号为CGMCC NO.16008，分类命名为：东方伊萨酵母(Issatchenkia orientalis)，地址为：北京市朝阳区北辰西路1号院3号，中国科学院微生物研究所，邮编：100101。经过试验，该菌株接种到污水中在12小时对水中的硫化氢去除率达到60％以上，24小时对水中的硫化氢去除率达到80％以上，20天后对污水中氨的去除率达到60％左右，23天后对废水中氨的去除率接近70％，进一步说明该菌种活力高，适应性强，除硫脱氮效率高。
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公开(公告)号：CN108676744B
公开(公告)日：2020-07-28
申请号：CN201810465041.6
申请日：2018-05-16
Applicant: 南京农业大学 , 江苏沃野生物科技发展有限公司
Abstract: 本发明公开一种巨大芽孢杆菌菌株ZT‑P及其应用，菌株ZT‑P为巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium.)，其性质为溶解有机磷无机磷菌，于2018年4月11日保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，菌种保藏号CGMCC NO.15602。本发明提供的菌株ZT‑P活力高，适应性强，可广泛用于土壤中减肥减药的微生物肥料的处理中。菌株ZT‑P制成的微生物肥料经过试验，在第5天的时候摇瓶中的溶磷量达到最大156.7μg/mL。与诱变前相比，菌株的溶磷率提高了20％，缩短了土壤中有机磷和无机磷的溶解速率。说明制成的微生物有机肥缩短了土壤中有机磷和无机磷的溶解周期和溶解量。
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公开(公告)号：CN109294921A
公开(公告)日：2019-02-01
申请号：CN201810822897.4
申请日：2018-07-25
Applicant: 南京农业大学 , 张家港市鸿屹水产养殖有限公司
IPC: C12N1/14 , C02F3/34 , C12R1/645 , C02F101/16
Abstract: 本发明公开一种东方伊萨酵母菌株ZT-C2及其应用，除硫脱氮菌ZT-C2，于2018年6月25日保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，菌种保藏号为CGMCC NO.16008，分类命名为：东方伊萨酵母(Issatchenkia orientalis)，地址为：北京市朝阳区北辰西路1号院3号，中国科学院微生物研究所，邮编：100101。经过试验，该菌株接种到污水中在12小时对水中的硫化氢去除率达到60％以上，24小时对水中的硫化氢去除率达到80％以上，20天后对污水中氨的去除率达到60％左右，23天后对废水中氨的去除率接近70％，进一步说明该菌种活力高，适应性强，除硫脱氮效率高。
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