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公开(公告)号：CN118620994A
公开(公告)日：2024-09-10
申请号：CN202410842399.1
申请日：2024-06-27
Applicant: 东南大学
IPC: C12Q1/6806 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明公开了一种用于高通量测序的大规模单细胞全基因组液相编码方法，该方法用乳液方式将大量单细胞基因组并行分隔，在并行的、不含有固体微球的液滴中完成全基因组编码测序文库构建反应所需的包含核酸释放、全基因组核酸转座、核酸末端补齐、初步核酸扩增步骤，再将液滴进行破乳回收得到编码测序文库，实现对每个细胞基因组的编码。本发明基于液滴编码操控平台在规模、效率方面的优势，通过规避目前液滴编码中必需的固相微球，提高了大规模单细胞全基因组编码测序方法的可行性。此外，基于高效转座的全基因组编码方法具备低偏好性、高鲁棒性、拷贝数变异检测准确的优势。
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公开(公告)号：CN113533275B
公开(公告)日：2023-11-28
申请号：CN202110740248.1
申请日：2021-06-30
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明公开了一种固态纳米孔‑荧光共振能量转移复合检测方法，该方法用成对的荧光基团同时标记的分析物分子，采用共聚焦显微镜聚焦于纳米孔所在的平面，分析物在电场的驱动下通过纳米孔，同时也通过共聚焦显微镜的焦平面，当发生荧光共振能量转移，激发光信号被共聚焦显微镜捕捉并转换为电信号经计算机处理，结合分析物分子通过纳米孔的电信号，从而复合解析分子构象信息。本发明还公开了一种固态纳米孔‑荧光共振能量转移复合检测系统。本发明系统和检测方法能够更有效地进一步区分生物分子内部或生物分子之间细微构象差异，适用于多种分析物单独检测和不同的分析物混合检测。
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公开(公告)号：CN107058291B
公开(公告)日：2020-08-25
申请号：CN201710304056.X
申请日：2017-05-03
Applicant: 东南大学
IPC: C12N15/10
Abstract: 本发明提出了一种基于细长反应腔的全基因组扩增方法，其特征在于将多重链置换扩增反应体系注入细长型的反应腔中，完成对目标基因组的全基因组扩增。细长形的反应腔体将多重链置换扩增反应体系相对分隔于一个细长的反应腔中，各微观反应单元之间的物质交换和相互影响大为减少，因此各微观反应单元以一个相对独立的状态发生反应，目标核酸各个片段之间的扩增一致性得到很大提升。同时，基于细长反应腔的多重链置换扩增，不需要预先制备微液滴发生装置或复杂反应微腔，并且在系统调试和扩增反应的过程中，不需要对微量液体进行精密和复杂的控制，简化了反应系统，降低了操作复杂度。
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公开(公告)号：CN104357563A
公开(公告)日：2015-02-18
申请号：CN201410606732.5
申请日：2014-10-30
Applicant: 东南大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6869 , C12Q2535/122
Abstract: 本发明公开了一种二次DNA片段化的基因组单倍型高通量测序方法，分两次对基因组DNA进行片段化后测序以获得单倍型信息：第一次DNA片段化将基因组DNA分割成为一系列较长的核酸片段，在较长的核酸片段中构建一组片段文库，对每个片段文库进行扩增；将扩增后的较长的核酸片段进行第二次DNA片段化，第二次DNA片段化后得到较短的核酸片段，每个片段文库独立构建测序文库并分别进行高通量测序，测序的结果首先在每个片段文库内部进行序列比对或拼接，获得较长的核酸序列后进行跨片段文库的序列比对和拼接，从而实现利用高通量测序获得基因组单倍型信息。本发明方法实现了利用高通量测序获得基因组单倍型信息，且简单、效率高。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN118813766A
公开(公告)日：2024-10-22
申请号：CN202410791247.3
申请日：2024-06-19
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明提出了一种基于嵌合序列的全基因组单倍型组装方法，采用全分隔或半分隔反应体系的方法，提高嵌合序列组成片段间的同源性。利用具有链置换能力的核酸聚合酶介导的多重链置换扩增过程中产生扩增产物，将扩增产物的测序结果与参考基因组比对，获得组成片段高度同源的嵌合序列，利用嵌合序列的组成片段间的基因连锁关系，本发明嵌合序列的组成片段具有高度同源性，且组成片段之间的座落距离可提供更多的长距离连锁关系。基于嵌合序列的全基因组单倍型组装方法，只使用具有链置换能力的DNA聚合酶介导的多重链置换扩增后的测序数据来进行全基因组单倍型组装，在经济效益和组装效果上，可以达到很好的平衡。
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公开(公告)号：CN113533275A
公开(公告)日：2021-10-22
申请号：CN202110740248.1
申请日：2021-06-30
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明公开了一种固态纳米孔‑荧光共振能量转移复合检测方法，该方法用成对的荧光基团同时标记的分析物分子，采用共聚焦显微镜聚焦于纳米孔所在的平面，分析物在电场的驱动下通过纳米孔，同时也通过共聚焦显微镜的焦平面，当发生荧光共振能量转移，激发光信号被共聚焦显微镜捕捉并转换为电信号经计算机处理，结合分析物分子通过纳米孔的电信号，从而复合解析分子构象信息。本发明还公开了一种固态纳米孔‑荧光共振能量转移复合检测系统。本发明系统和检测方法能够更有效地进一步区分生物分子内部或生物分子之间细微构象差异，适用于多种分析物单独检测和不同的分析物混合检测。
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公开(公告)号：CN113151427A
公开(公告)日：2021-07-23
申请号：CN202110544290.6
申请日：2021-05-19
Applicant: 东南大学
IPC: C12Q1/6869 , C12Q1/6818
Abstract: 本发明公开了一种核苷非标记FRET的核酸测序方法，该方法包括将FRET供体和受体荧光基团标记在DNA聚合酶或接头上，待测核酸分子固定之后与DNA聚合酶孵育结合，继续循环依次投入四种测序反应体系参与待测核酸互补链的合成，通过碱基合成时供体‑受体分子对之间空间距离变化带来FRET信号改变确定合成进行，并与投入的dNTP种类结合，得出该次反应对应碱基类型，通过多次反应得到的碱基类型的排列确定核酸序列的组成。本发明方法对样品的核酸浓度和总量要求低，适合于实验室快速检测，dNTP非标记的策略会带来更高的测序准确率，可以测量单分子水平、单克隆分子簇和单分子多拷贝等多种情形下的FRET信号。
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公开(公告)号：CN112251500A
公开(公告)日：2021-01-22
申请号：CN202011135366.1
申请日：2020-10-21
Applicant: 东南大学
IPC: C12Q1/6844
Abstract: 本发明公开了一种能够提升微量核酸扩增效率的方法，其特征在于：扩增开始前配置扩增溶液体系时，一次性将全部微量核酸物质投入反应体系，而只投入一部分用于扩增的除核酸外的其他物质，以提高初始状态核酸浓度，缩短反应初期的低效时间；在扩增反应开始后追加投入剩余的用于扩增的其他物质，追加投入后继续核酸扩增，降低体系中的核酸浓度，延长反应的高效时间。该方法通过改变除微量核酸以外其他反应组分的添加时机，提高核酸扩增反应的效率，缩短反应所用时间，适用于多种不同体积、核酸起始量的不同扩增方法，并可以依据使用情况灵活调整各阶段的体积。
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公开(公告)号：CN107058291A
公开(公告)日：2017-08-18
申请号：CN201710304056.X
申请日：2017-05-03
Applicant: 东南大学
IPC: C12N15/10
Abstract: 本发明提出了一种基于细长反应腔的全基因组扩增方法，其特征在于将多重链置换扩增反应体系注入细长型的反应腔中，完成对目标基因组的全基因组扩增。细长形的反应腔体将多重链置换扩增反应体系相对分隔于一个细长的反应腔中，各微观反应单元之间的物质交换和相互影响大为减少，因此各微观反应单元以一个相对独立的状态发生反应，目标核酸各个片段之间的扩增一致性得到很大提升。同时，基于细长反应腔的多重链置换扩增，不需要预先制备微液滴发生装置或复杂反应微腔，并且在系统调试和扩增反应的过程中，不需要对微量液体进行精密和复杂的控制，简化了反应系统，降低了操作复杂度。
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