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公开(公告)号：CN103853941A
公开(公告)日：2014-06-11
申请号：CN201310714093.X
申请日：2013-12-23
Applicant: 哈尔滨工程大学
IPC: G06F19/22
Abstract: 本发明属于分子生物信息检测领域，具体涉及只用在已有高通量DNA测序数据匹配基础上，基于贝叶斯技术进一步增加测序数据的匹配数量，以提高测序数据的利用效率和实验检测效果的高通量DNA测序数据匹配增强方法。本发明包括：初步匹配高通量DNA测序数据；求取高通量DNA测序数据错配先验概率；计算高通量DNA测序数据错配后验概率；求取高通量DNA测序数据不成功匹配集中数据发生成功匹配的评估值；提取高通量DNA测序数据不成功匹配集中成功匹配数据。本发明在原有高通量DNA测序数据匹配映射基础上，通过评估不成功匹配测序数据集中数据发生成功匹配的可能，进一步增加成功匹配映射的数据数量，以提高测序数据的利用效率。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN103810404A
公开(公告)日：2014-05-21
申请号：CN201410013068.3
申请日：2014-01-13
Applicant: 哈尔滨工程大学
IPC: G06F19/20
Abstract: 本发明属于分子生物信息检测领域，具体涉及一种在已有高通量DNA测序数据匹配基础上，基于贝叶斯技术进一步增加测序数据的匹配数量的基于贝叶斯的高通量DNA测序数据匹配增强方法。本发明包括进行高通量DNA测序数据的初步匹配；求取高通量DNA测序数据错配先验概率；计算高通量DNA测序数据错配后验概率；评估高通量DNA测序数据不成功匹配集中数据发生成功匹配的评估值；提取高通量DNA测序数据不成功匹配集中成功匹配数据。本发明利用贝叶斯技术，在原有高通量DNA测序数据匹配映射基础上，通过评估不成功匹配测序数据集中数据发生成功匹配的可能，进一步增加成功匹配映射的数据数量，以提高测序数据的利用效率。
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公开(公告)号：CN103390119B
公开(公告)日：2016-01-27
申请号：CN201310277169.7
申请日：2013-07-03
Applicant: 哈尔滨工程大学
IPC: G06F19/12
Abstract: 本发明属于分子生物信息检测领域，具体涉及一种基于条件随机场技术，融合ChIP-chip基因芯片数据和ChIP-seq DNA测序数据的转录因子结合位点识别方法。本发明包括：建立条件随机场模型；获取ChIP-chip实验检测值，识别出对应状态值；获取ChIP-seq实验检测值识别出对应状态值；测试条件随机场模型的识别精度；加权融合识别结果的第n个DNA碱基片段识别概率；比较和识别转录因子结合位点。本发明利用条件随机场融合ChIP-chip和ChIP-seq实验的检测数据识别转录因子结合位点。通过实验验证，在识别准确率方面，本发明方法要高于采用单一技术的识别方法。
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公开(公告)号：CN102779240B
公开(公告)日：2015-05-20
申请号：CN201210205886.4
申请日：2012-06-21
Applicant: 哈尔滨工程大学
IPC: G06F19/16
Abstract: 本发明提供的是一种基于核典型相关分析的固有不规则蛋白质结构预测方法。（1）提取待预测蛋白质的结构特征和生化特征作为识别特征，所述结构特征指采用窗口法得到的蛋白质预测位点周围氨基酸的组合频率，所述生化特征指蛋白质预测位点氨基酸的Russell/Linding值、疏水性、极性和带电性；（2）采用核典型相关分析法对所提取的特征数据进行映射和融合，获取更有利于蛋白质结构识别的特征数据，核典型相关分析法的核函数采用径向基函数；（3）基于更有利于蛋白质结构识别的特征数据，进行蛋白质结构识别和预测。本发明的预测精度得到有效提高，有助于为固有不规则蛋白质的发现和确认提供前期依据，并为生物制药的研制提供基础。
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公开(公告)号：CN103390119A
公开(公告)日：2013-11-13
申请号：CN201310277169.7
申请日：2013-07-03
Applicant: 哈尔滨工程大学
IPC: G06F19/12
Abstract: 本发明属于分子生物信息检测领域，具体涉及一种基于条件随机场技术，融合ChIP-chip基因芯片数据和ChIP-seq DNA测序数据的转录因子结合位点识别方法。本发明包括：建立条件随机场模型；获取ChIP-chip实验检测值，识别出对应状态值；获取ChIP-seq实验检测值识别出对应状态值；测试条件随机场模型的识别精度；加权融合识别结果的第n个DNA碱基片段识别概率；比较和识别转录因子结合位点。本发明利用条件随机场融合ChIP-chip和ChIP-seq实验的检测数据识别转录因子结合位点。通过实验验证，在识别准确率方面，本发明方法要高于采用单一技术的识别方法。
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公开(公告)号：CN102779240A
公开(公告)日：2012-11-14
申请号：CN201210205886.4
申请日：2012-06-21
Applicant: 哈尔滨工程大学
IPC: G06F19/16
Abstract: 本发明提供的是一种基于核典型相关分析的固有不规则蛋白质结构预测方法。（1）提取待预测蛋白质的结构特征和生化特征作为识别特征，所述结构特征指采用窗口法得到的蛋白质预测位点周围氨基酸的组合频率，所述生化特征指蛋白质预测位点氨基酸的Russell/Linding值、疏水性、极性和带电性；（2）采用核典型相关分析法对所提取的特征数据进行映射和融合，获取更有利于蛋白质结构识别的特征数据，核典型相关分析法的核函数采用径向基函数；（3）基于更有利于蛋白质结构识别的特征数据，进行蛋白质结构识别和预测。本发明的预测精度得到有效提高，有助于为固有不规则蛋白质的发现和确认提供前期依据，并为生物制药的研制提供基础。
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