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公开(公告)号：CN116758979A
公开(公告)日：2023-09-15
申请号：CN202310696618.5
申请日：2023-06-12
Applicant: 北京林业大学
IPC: G16B20/00 , G16B25/10 , G16B25/20 , G16B40/20 , G06F18/2113 , G06F18/243
Abstract: 本发明属于生物信息学技术领域，具体涉及全基因组水平预测杨树根特异性顺式调控元件与模块的方法。本发明公开了一种在全基因组水平上预测杨树根特异性顺式调控元件和模块的方法，首次将FIMO和tidymodels进行联合，在全基因组预测杨树组织特异性顺式调控元件和模块。并且，将启动子区域做截断分析，分别运用5个启动子区域的TFBSs，构建随机森林预测模型，获得高特征分数的TFBSs作为候选CREs，利用候选CREs筛选根特异性顺式调控模块，并进行实验验证。本发明方法具有快速、高通量等特点，对于预测植物根特异性的顺式调控模块提供了技术支持，具有实用价值和广泛的应用前景。
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