公开(公告)号：CN102521024A

公开(公告)日：2012-06-27

申请号：CN201110375843.6

申请日：2011-11-23

Applicant: 北京市计算中心

Inventor： 吴一雷 ,  闫鹏程 ,  陈超 ,  侯召玲 ,  黄劲松 ,  谢威

IPC: G06F9/46

Abstract: 本发明公开了一种基于生物信息云平台的作业调度方法，涉及云平台构建技术领域，包括以下步骤：S1：表达层传输参数字符流至服务层；S2：根据所述参数字符流中的参数变量及参数字符流头部的程序名称生成以程序命名的参数文件；S3：最后根据参数字符流中指定的路径、作业类型和所述参数文件的文件名组装成格式统一的作业提交脚本并提交作业至资源层，所述作业提交脚本中还包括与所述作业类型相应的作业提交命令；S4：所述资源层解析所述作业提交脚本，执行所述作业提交命令以调用所述作业需调用的程序。本发明实现了平台的软件快速集成，提高了平台的可扩展性及可部署性，减小了开发成本，缩短了开发周期。

公开(公告)号：CN102521024B

公开(公告)日：2013-07-31

申请号：CN201110375843.6

申请日：2011-11-23

Applicant: 北京市计算中心

Inventor： 吴一雷 ,  闫鹏程 ,  陈超 ,  侯召玲 ,  黄劲松 ,  谢威

IPC: G06F9/46

Abstract: 本发明公开了一种基于生物信息云平台的作业调度方法，涉及云平台构建技术领域，包括以下步骤：S1：表达层传输参数字符流至服务层；S2：根据所述参数字符流中的参数变量及参数字符流头部的程序名称生成以程序命名的参数文件；S3：最后根据参数字符流中指定的路径、作业类型和所述参数文件的文件名组装成格式统一的作业提交脚本并提交作业至资源层，所述作业提交脚本中还包括与所述作业类型相应的作业提交命令；S4：所述资源层解析所述作业提交脚本，执行所述作业提交命令以调用所述作业需调用的程序。本发明实现了平台的软件快速集成，提高了平台的可扩展性及可部署性，减小了开发成本，缩短了开发周期。

公开(公告)号：CN102521529A

公开(公告)日：2012-06-27

申请号：CN201110410201.5

申请日：2011-12-09

Applicant: 北京市计算中心

Inventor： 吴一雷 ,  闫鹏程 ,  刘充 ,  李国锐 ,  陈禹保 ,  黄劲松 ,  谢威

IPC: G06F19/22

Abstract: 本发明涉及计算机和生物信息学技术领域，公开了一种基于BLAST的分布式基因序列比对方法，包括：S1、程序对用户参数进行解析，并确定MPI线程个数，读取查询序列文件，根据任务个数分割查询序列，每个MPI线程读取各自的MPI线程序号；S2、根据MPI线程序号判断当前MPI线程是否为头节点，如果当前MPI线程是头节点，则等待其它MPI线程的通信请求，如果有则响应，并将当前任务分配给提出通信请求的线程；继续分配任务；如果当前MPI线程不是头节点，则先向头节点请求任务序号，根据任务序号读取查询序列文件片段，并执行BLAST，得到BLAST比对结果，然后将任务序号减1，执行BLAST完再请求任务序号；S3、合并所有BLAST比对结果。本发明能降低生物信息学研究的硬件成本。