公开(公告)号：CN102521529A

公开(公告)日：2012-06-27

申请号：CN201110410201.5

申请日：2011-12-09

Applicant: 北京市计算中心

Inventor： 吴一雷 ,  闫鹏程 ,  刘充 ,  李国锐 ,  陈禹保 ,  黄劲松 ,  谢威

IPC: G06F19/22

Abstract: 本发明涉及计算机和生物信息学技术领域，公开了一种基于BLAST的分布式基因序列比对方法，包括：S1、程序对用户参数进行解析，并确定MPI线程个数，读取查询序列文件，根据任务个数分割查询序列，每个MPI线程读取各自的MPI线程序号；S2、根据MPI线程序号判断当前MPI线程是否为头节点，如果当前MPI线程是头节点，则等待其它MPI线程的通信请求，如果有则响应，并将当前任务分配给提出通信请求的线程；继续分配任务；如果当前MPI线程不是头节点，则先向头节点请求任务序号，根据任务序号读取查询序列文件片段，并执行BLAST，得到BLAST比对结果，然后将任务序号减1，执行BLAST完再请求任务序号；S3、合并所有BLAST比对结果。本发明能降低生物信息学研究的硬件成本。