本发明涉及一种耐高温的舵机控制器，属于舵机控制器技术领域，解决了现有技术中机控制器在没有散热途径的高温环境中难以长航时工作的问题。本发明的舵机控制器包括：上壳体组件、下壳体组件、控制印制板、电源印制板、飞控计算机通讯电连接器和执行机构通讯电连接器；控制印制板和电源印制板分别固定安装在上壳体组件和下壳体组件的内部；飞控计算机通讯电连接器及执行机构通讯电连接器均通过固定安装在所述下壳体组件的侧壁上；上壳体组件和下壳体组件的底板及四个侧板内部均填充有相变介质。本发明通过在控制器壳体的底板及四个侧板内部填充相变介质，实现了对控制器的良好的降温效果，能够保证电器件在预期温度范围内工作。