本发明涉及一种船用甲醇发动机燃烧控制方法及系统。本发明包括获取各气缸中，对应的加热器的释放热量，以及对应的甲醇喷射器喷射的甲醇喷射量，获取甲醇在进入甲醇喷射器前的初始温度；获取船用甲醇发动机空气的进气总量和进气温度；基于甲醇喷射量、进气总量、进气温度和初始温度，确定各气缸中甲醇混合气加热到自燃点所需的加热热量；通过变压器控制各加热器的加热功率；响应于释放热量大于或等于加热热量，保持当前加热器的加热功率不变；响应于释放热量小于加热热量，提高加热器的加热功率，直至释放热量大于或等于加热热量。本发明解决了船用甲醇发动机启动和燃烧困难的问题。