本发明涉及奶牛乳腺炎关键SNPs位点rs88640083及2b‑RAD基因分型和分析方法，包括如下步骤：建库测序；生物信息学分析：数据过滤、酶切序列提取、数据比对、SNP分型、全基因组关联分析。采用BayesA模型和Logistic回归模型对奶牛临床乳腺炎表型性状进行全基因组关联分析（GWAS）。相对于现有技术，本发明的有益效果为：相对于RADseq，2b‑RAD测序技术具有以下几点优点：1、酶切片段长短均一，不需要后续筛选；2、酶切片段不需要添加“Y”型接头；3、步骤简单；4、每个样本测序成本低；5、测序耗时短。本发明还构建两种全基因组关联分析模型（BayesA和Logistics）；3、筛选到一个中国荷斯坦奶牛乳腺炎关键SNPs位点及对应基因（SYK）。