公开(公告)号：CN117012272A

公开(公告)日：2023-11-07

申请号：CN202310280890.5

申请日：2023-03-21

Applicant: 重庆邮电大学

Inventor： 袁帅 ,  刘虹涛 ,  周双艳 ,  田自辉 ,  解增言

IPC: G16B15/30 ,  G16B20/50 ,  G16C10/00 ,  G16B40/00 ,  G16B5/00

Abstract: 本发明公开了一种基于计算机模拟获取远端残基对新冠病毒S蛋白受体结合域变构调控的方法。首先获取S蛋白不同状态下与抗体结合和未与抗体结合的结构，构建蛋白质溶剂化模型；其次，进行能量最小化、预平衡和分子动力学模拟，得到各体系的模拟轨迹；之后进行动态网络分析，并将各结构域视作刚体，以其质心之间的连线计算二面角的角度，得到宏观的结构域变化趋势；再进行残基自由能分解，获取抗原抗体结合中贡献更大的残基，其更有可能在结合过程中引发更深层次的调控作用；最后对模拟轨迹的变化特征进行时滞性独立分量分析，对每个残基对轨迹的变化贡献进行了打分，得出该残基对于轨迹变化调控作用，为新冠病毒S蛋白的治疗靶点提供了新思路。