公开(公告)号：CN116312821A

公开(公告)日：2023-06-23

申请号：CN202310030292.2

申请日：2023-01-10

Applicant: 重庆邮电大学

Inventor： 张文英 ,  辛奇 ,  袁帅 ,  徐涛 ,  李阔 ,  谭清龙

IPC: G16C10/00 ,  G16C20/10

Abstract: 本发明公开了一种制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法，属于生物物理学领域。具体步骤如下：(1)基于已有的处理质子化发色团LYR分子力场文件，在描述结构的rtf文件中删除席夫碱氮上面的氢原子以及更改相应的成键项；(2)用在线工具CGenFF重新生成删除氢原子后发色团LYR的电荷分布；(3)用量子化学计算方法验证上述电荷分布；(4)根据已有的去质子化参数文件，正确设置prm文件里面bonds，angles，dihedrals，impropers项；(5)合并重新生成后的rtf和prm文件为str格式用于处理视蛋白去质子化的发色团LYR；该方法具有准确性高、可靠性强、操作简单等优点，且该发明方法解决了普通分子力场(如Charmm、Amber等)中不能处理去质子化视黄醛的问题。