公开(公告)号：CN103773778A

公开(公告)日：2014-05-07

申请号：CN201410010130.3

申请日：2014-01-10

Applicant: 西南林业大学

Inventor： 王澍 ,  樊国盛 ,  段晓梅 ,  彭建松 ,  林开文 ,  区智

IPC: C12N15/29 ,  C12N15/10

Abstract: 本发明公开了一种获得中华大节竹SOS1逆向转运蛋白编码基因序列的方法，包括以下步骤：提取中华大节竹幼苗的总RNA，反转录合成第1链cDNA。利用RACE方法设计特异引物IsSOS1-3′和IsSOS1-5′，分别进行3′RACE和5′RACE的扩增，通过巢式PCR分别获得3′和5′片段；用Vector？NTI12软件拼接中间、3′和5′片段，获得了IsSOS1基因全长cDNA序列，设计特异引物IsSOS1-F2和IsSOS1-R2，通过PCR扩增，得到长度为3516bp的cDNA序列。本发明的SOS1逆向转运蛋白及其编码基因可以用来提高植物抗病性和抗盐性，可用于植物的遗传转化，提高植物的耐盐能力，使竹类植物能生长在滨海盐渍土地上，有利于竹类植物作为滨海防护林的种植，这种措施的经济效益是十分可观的，发挥了巨大作用。

公开(公告)号：CN106834510A

公开(公告)日：2017-06-13

申请号：CN201710167289.X

申请日：2017-03-20

Applicant: 西南林业大学

Inventor： 屈燕 ,  区智 ,  彭建松 ,  杨自云 ,  赵琬玥 ,  熊健

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6895 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2535/122 ,  C12Q2525/191

Abstract: 本发明涉及一种基于转录组序列开发绿绒蒿SSR引物的方法，具体步骤如下：(1)构建转录组文库；(2)测序完成后，利用软件Trinity将测序序列拼接成一个完整的转录组，取每条基因最长的转录本作为Unigene，并对Unigene序列进行生物信息学分析；(3)采用软件MISA1.0对上述Unigene进行SSR检测；(4)采用软件Primer3进行SSR引物设计，并鉴定引物的多态性。本发明通过获得的转录组序列，极大地增加了用于引物开发的原始数据；采用生物信息学途径可以大批量开发SSR标记，大大提高了开发的效率，而且本发明所提供的SSR标记引物是稳定存在的新标记，可直接用于绿绒蒿属植物的相关研究，解决了绿绒蒿属SSR引物少问题。