公开(公告)号：CN115651973B

公开(公告)日：2023-09-29

申请号：CN202211093343.8

申请日：2022-09-08

Applicant: 苏州京脉生物科技有限公司 ,  上海交通大学

Inventor： 康亚妮 ,  程酩 ,  王佳宁 ,  邵志峰 ,  李华 ,  秦玉兰

IPC: C12Q1/6869 ,  G16B40/00 ,  G16B30/00

Abstract: 本申请提供一种可传代细胞的高保真甲基化位点的分离与分析方法，包括步骤：(A)将可传代细胞进行传代培养多代后，取不同代数的细胞进行基因组DNA提取，作为实验样本；(B)将spike‑in加入实验样本中，进行重亚硫酸盐转化，构建简并代表性重亚硫酸盐测序文库，并进行测序；所述spike‑in为甲基化和未甲基化的lambda DNA；(C)对于测序数据，根据spike‑in计算转化效率和错误转化率最终对甲基化水平的评估产生偏差，并且对每个位点的DNA甲基化水平采用二项分布近似贝叶斯模型进行定量检测，通过比较不同代别的甲基化水平得到高保真甲基化位点。

公开(公告)号：CN115651973A

公开(公告)日：2023-01-31

申请号：CN202211093343.8

申请日：2022-09-08

Applicant: 苏州京脉生物科技有限公司 ,  上海交通大学

Inventor： 康亚妮 ,  程酩 ,  王佳宁 ,  邵志峰 ,  李华 ,  秦玉兰

IPC: C12Q1/6869 ,  G16B40/00 ,  G16B30/00

Abstract: 本申请提供一种可传代细胞的高保真甲基化位点的分离与分析方法，包括步骤：(A)将可传代细胞进行传代培养多代后，取不同代数的细胞进行基因组DNA提取，作为实验样本；(B)将spike‑in加入实验样本中，进行重亚硫酸盐转化，构建简并代表性重亚硫酸盐测序文库，并进行测序；所述spike‑in为甲基化和未甲基化的lambda DNA；(C)对于测序数据，根据spike‑in计算转化效率和错误转化率最终对甲基化水平的评估产生偏差，并且对每个位点的DNA甲基化水平采用二项分布近似贝叶斯模型进行定量检测，通过比较不同代别的甲基化水平得到高保真甲基化位点。