公开(公告)号：CN117106959A

公开(公告)日：2023-11-24

申请号：CN202311199715.X

申请日：2023-09-18

Applicant: 福建农林大学

Inventor： 朱方捷 ,  张笑天 ,  温陈金 ,  袁振 ,  林俊城

IPC: C12Q1/6895 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/686 ,  C12Q1/6869 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明属于生物技术领域，具体涉及一种鉴定植物组织中活性顺式作用元件组的方法及其应用。所述方法包括如下步骤：（1）制备随机DNA文库；（2）去除植物组织材料中的胞质蛋白；（3）抽提获得植物组织材料中的核蛋白；（4）凝胶迁移实验（EMSA）分离与核蛋白结合的DNA序列；（5）回收凝胶中的DNA并进行扩增；（6）基于回收扩增的DNA构建测序文库并进行测序；（7）对测序数据进行生物信息学分析鉴定活性顺式元件。该方法植物材料消耗低，适用范围广，分辨率高，实验流程简单省时，易被相关研究人员掌握。

公开(公告)号：CN117646058A

公开(公告)日：2024-03-05

申请号：CN202311683434.1

申请日：2023-12-09

Applicant: 福建农林大学

Inventor： 朱方捷 ,  罗琳 ,  肖嘉靖 ,  毛飞 ,  温成金

IPC: C12Q1/6804 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种应用于少量植物样本的高分辨率快速染色质免疫共沉淀方法，包括：称取植物组织样品剪碎后装入已灭菌的离心管，液氮研磨；研磨好的样品用RIPA缓冲液破裂细胞核，以便释放染色质；通过微球菌核酸酶将染色质片段化；染色质片段化产物中加入Protein A/G磁珠，并加入期望的DNA结合蛋白的抗体，进行孵育，以便获得免疫共沉淀处理产物；免疫共沉淀处理产物用磁力架去除上清，用高盐洗涤缓冲液洗涤磁珠2次后用MNase缓冲液重悬，加入SDS和蛋白酶K，解交联，以便使染色质和蛋白质分离获得解交联产物；解交联产物用VAHTS DNA Clean Beads磁珠纯化，以便富集DNA；文库构建与上机测序。本发明方法起始材料消耗量少，操作简单，选择性、准确性、分辨率高。