公开(公告)号：CN117894365A

公开(公告)日：2024-04-16

申请号：CN202410093206.7

申请日：2024-01-23

Applicant: 淮北师范大学

Inventor： 徐成振 ,  张译文 ,  李敏

IPC: G16B15/10 ,  G16B5/20 ,  G16B40/00 ,  G06N5/01

Abstract: 本发明公开基于茎区替换预测RNA假结结构的方法，包括：根据RNA的二级结构，通过动态规划算法构建茎区池，并对所述茎区池中的茎区进行排序；基于排序结果，对RNA的二级结构进行寻优，生成初始假结结构，通过启发式算法对初始假结结构中的茎区进行依次替换，对所述替换后的假结结构进行能量计算，以能量最小的假结结构替换初始假结结构，重复进行茎区替换、能量计算及结构替换，直到替换后的假结结构能量最小，生成预测的RNA假结结构。

公开(公告)号：CN118072813A

公开(公告)日：2024-05-24

申请号：CN202410255717.4

申请日：2024-03-06

Applicant: 淮北师范大学

Inventor： 徐成振 ,  张燕强 ,  李赛

IPC: G16B15/00 ,  G16B40/00 ,  G16B30/00 ,  G06N3/0464

Abstract: 本发明公开了一种RNA二级结构预测方法、系统和计算机设备，涉及RNA结构预测技术领域，包括步骤：以卷积神经网络CNN为前置基础网络，并在卷积神经网络CNN末尾连接卷积层来构建全卷积神经网络模型FCN；将一个L*L*10的矩阵输入全卷积神经网络模型FCN中进行处理，输出L*L*1的矩阵；其中，L为RNA序列的长度，10为序列任意两位置的物理化学性质，1为碱基配对概率矩阵；从碱基配对概率矩阵右上角查找配对率高于阈值，且连续斜向概率矩阵左下方的连续配对元素，对连续配对元素根据碱基配对原则调整，若调整输出的结构满足最小自由能，输出RNA二级结构，否则重新预测。本发明对反卷积的结果跟对应的正向特征矩阵使用跳级结构进行叠加输出RN A碱基配对概率矩阵，通过多跳级次叠加补充细节，完成整个矩阵的还原，提高预测效果，以期达到更高的准确度。