一种结合二代和三代测序的多菌株全基因组分析方法

    公开(公告)号:CN117126950A

    公开(公告)日:2023-11-28

    申请号:CN202310980404.0

    申请日:2023-08-07

    Abstract: 本发明公开了一种结合二代和三代测序的多菌株全基因组分析方法,属于环境微生物领域。本发明充分利用Illumina二代测序高通量、低成本的优势和Oxford Nanopore三代测序长读长、单分子测序的特点,提供了一种廉价、准确、高效的多菌株全基因组分析方法。首先,对每个菌株单独进行Illumina二代测序,利用MetaSPAdes软件对序列进行拼装,获得菌株的基因组草图。然后,对所有菌株的混合样品进行Oxford Nanopore三代测序。最后,利用Unicycler软件和混合样品的三代测序结果,对二代测序获得的各菌株基因组草图中的缺失序列进行填补,从而获得完成的、封闭成环的菌株基因组完成图。本发明具有成本低廉、操作简便、序列质量高等优点,适用于多菌株的全基因组测序分析。

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