棉花全基因组40K单核苷酸位点及其在棉花基因分型中的应用

    公开(公告)号:CN113308562B

    公开(公告)日:2022-08-23

    申请号:CN202110564410.9

    申请日:2021-05-24

    Applicant: 浙江大学

    Abstract: 本发明提供了一种棉花全基因组40K单核苷酸位点及其在棉花基因分型中的应用,其中棉花全基因组40K单核苷酸位点通过基于三个群体重测序获得的VCF文件,以棉花基因组TM‑1_V2.1为参考,对数据中的位点信息进行初步筛选目标区段,然后再合成目标区段对应的探针。通过选取13个棉花品种进行数据测试,选取13个陆地棉材料,包括1个野生种、1个半野生种和11个栽培种进行芯片检测。根据检测结果,优先挑选均一性好的目标区域,并保证整体的均匀分布。最终筛选获得40K单核苷酸位点。本发明位点的应用可以极大提高基因型检测准确度、提高检测水平,降低检测成本,并为棉花分子育种提供重要的技术支撑。

    棉花全基因组40K单核苷酸位点及其在棉花基因分型中的应用

    公开(公告)号:CN113308562A

    公开(公告)日:2021-08-27

    申请号:CN202110564410.9

    申请日:2021-05-24

    Applicant: 浙江大学

    Abstract: 本发明提供了一种棉花全基因组40K单核苷酸位点及其在棉花基因分型中的应用,其中棉花全基因组40K单核苷酸位点通过基于三个群体重测序获得的VCF文件,以棉花基因组TM‑1_V2.1为参考,对数据中的位点信息进行初步筛选目标区段,然后再合成目标区段对应的探针。通过选取13个棉花品种进行数据测试,选取13个陆地棉材料,包括1个野生种、1个半野生种和11个栽培种进行芯片检测。根据检测结果,优先挑选均一性好的目标区域,并保证整体的均匀分布。最终筛选获得40K单核苷酸位点。本发明位点的应用可以极大提高基因型检测准确度、提高检测水平,降低检测成本,并为棉花分子育种提供重要的技术支撑。

    同时调控棉籽中油分和蛋白质含量的SNP位点及应用

    公开(公告)号:CN118726635A

    公开(公告)日:2024-10-01

    申请号:CN202410769106.1

    申请日:2024-06-14

    Applicant: 浙江大学

    Abstract: 本发明公开了一种同时调控棉籽中油分及蛋白质含量的SNP位点及应用。本发明以陆地棉自然群体的全基因组重测序结果为基因型数据,以近红外光谱分析技术调查得到的两年棉籽中油分及蛋白质含量为表型数据,利用全基因组关联分析鉴定到一种能够同时调控棉籽油分和蛋白质含量的SNP位点,该位点位于陆地棉D13染色体3579341bp的碱基处,为T至C的单碱基突变,TT型的棉花种子油分含量显著高于CC型棉花,同时CC型棉花种子的蛋白质含量则显著高于TT型棉花。该SNP位点可应用于鉴定陆地棉中高油分或高蛋白质含量的种质资源材料,以及棉籽中油分及蛋白质含量的分子标记辅助育种,在棉籽营养品质形成相关研究和培育棉籽营养品质提升新品种中有重要的应用价值和应用前景。

    一种棉花苞叶叶型调控基因的SNP标记及应用

    公开(公告)号:CN117757982A

    公开(公告)日:2024-03-26

    申请号:CN202410089129.8

    申请日:2024-01-22

    Applicant: 浙江大学

    Abstract: 本发明公开了一种棉花苞叶叶型调控基因的SNP标记及应用。属于分子生物学技术领域。本发明的SNP标记可以通过如SEQ ID NO.5、SEQ ID NO.6及SEQ ID NO.7所示的KASP特异性引物扩增得到,其中,TM‑1(SEQ ID NO.1)和MD90ne(SEQ ID NO.3)拥有相同的表型和基因型,T582(SEQ ID NO.2)和MD51ne(SEQ ID NO.4)拥有相同的表型和基因型。本发明的标记与棉花窄卷苞叶基因共分离,特异性强,鉴定可靠,可以高效、稳定地检测棉花窄卷苞叶基因fg,并快速、准确地辅助选择棉花窄卷苞叶性状,实现短期内在育种大群体中对该基因的高通量筛选,有效提高育种效率,服务于棉花分子育种。

    能提高陆地棉纤维强度的海岛棉染色体片段及应用

    公开(公告)号:CN118147349A

    公开(公告)日:2024-06-07

    申请号:CN202410385826.8

    申请日:2024-04-01

    Applicant: 浙江大学

    Abstract: 本发明公开了一个能够提高陆地棉纤维强度的海岛棉染色体片段及其应用。本发明提供了一个来自于海岛棉的染色体片段,为位于海岛棉D06染色体上InDel分子标记C6STR‑3起始至InDel分子标记C6STR‑10终止的片段;所述InDel分子标记C6STR‑3的核苷酸序列为如SEQ ID NO.3所示;所述InDel分子标记C6STR‑10的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示。本发明所提供的海岛棉染色体片段应用于棉花分子育种能够显著增加陆地棉纤维强度,同时本发明所开发的InDel分子标记为高纤维强度棉花品种的培育提供分子基础。

    陆地棉卷叶调控基因GHCLG及其应用

    公开(公告)号:CN117903270A

    公开(公告)日:2024-04-19

    申请号:CN202410109063.4

    申请日:2024-01-25

    Applicant: 浙江大学

    Abstract: 本发明公开了一种陆地棉卷叶调控基因GHCLG及其应用。在陆地棉正常阔叶品种TM‑1中该基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,在陆地棉卷叶突变体T582中该基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。本发明所克隆的基因与棉花叶片形状有着直接的联系。构建的植物基因编辑载体对正常阔叶陆地棉668进行转基因研究,结果发现敲除GHCLG基因导致了棉花叶片形状上翘内卷,故其在改善植物叶形和植株形态、提高植物光合效率、抗避虫害等方面具有重大应用潜力。

    一种基于靶向捕获测序的陆地棉低密度液相芯片及其应用

    公开(公告)号:CN116751886A

    公开(公告)日:2023-09-15

    申请号:CN202310765880.0

    申请日:2023-06-27

    Applicant: 浙江大学

    Abstract: 本发明公开了一种基于靶向捕获测序的陆地棉低密度液相芯片及其应用。本发明低密度芯片包括908个SNP位点,其中与陆地棉纤维品质、产量、抗病性等重要农艺性状显著关联的位点329个,常见植物转基因检测位点14个,其他位点565个。此芯片适合于陆地棉品种中转基因成分检测、资源评价和亲缘鉴定、种子纯度鉴定以及陆地棉品种主要农艺性状遗传改良中的应用。

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