公开(公告)号：CN109002690A

公开(公告)日：2018-12-14

申请号：CN201810591726.5

申请日：2018-06-08

Applicant: 济南大学

Inventor： 姚建庄 ,  李春雨 ,  朱莉

IPC: G06F19/16 ,  G06F19/18 ,  G06F19/28

Abstract: 一种通过构建CHARMM ROTAMERS力场预测突变氨基酸侧链结构的方法，通过运用VMD图形显示软件及PuTTY与WinSCP运行软件的结合，进行结构对比，我们找到了氨基酸不同旋转异构体中与晶体结构最相近且与旧CHARMM力场区分明显的稳定结构。通过能量最小化和分子动力学模拟研究，进行进一步测量与计算得出RMSD值，通过比较，进而证实了所得结构的准确性。我们的研究结果在数据准确丰富的基础上，快速的找到了氨基酸中能量最低、结构稳定的旋转异构体，节约了实验时间和成本，为蛋白质药物设计提供了可靠依据。

公开(公告)号：CN109002690B

公开(公告)日：2021-05-18

申请号：CN201810591726.5

申请日：2018-06-08

Applicant: 济南大学

Inventor： 姚建庄 ,  李春雨 ,  朱莉

IPC: G16B20/50 ,  G16B5/00 ,  G16B50/00

Abstract: 一种通过构建CHARMM ROTAMERS力场预测突变氨基酸侧链结构的方法，通过运用VMD图形显示软件及PuTTY与WinSCP运行软件的结合，进行结构对比，我们找到了氨基酸不同旋转异构体中与晶体结构最相近且与旧CHARMM力场区分明显的稳定结构。通过能量最小化和分子动力学模拟研究，进行进一步测量与计算得出RMSD值，通过比较，进而证实了所得结构的准确性。我们的研究结果在数据准确丰富的基础上，快速的找到了氨基酸中能量最低、结构稳定的旋转异构体，节约了实验时间和成本，为蛋白质药物设计提供了可靠依据。