公开(公告)号：CN111312329B

公开(公告)日：2023-03-24

申请号：CN202010115572.X

申请日：2020-02-25

Applicant: 成都信息工程大学

Inventor： 张永清 ,  乔少杰 ,  郜东瑞 ,  曾圆麒 ,  陈庆园 ,  卢荣钊 ,  林志宇

IPC: G16B15/30 ,  G16B30/00 ,  G16B40/00 ,  G06N3/0464 ,  G06N3/045 ,  G06N3/0442

Abstract: 本发明公开一种基于深度卷积自动编码器的转录因子结合位点预测的方法，应用于计算机技术和生物信息技术领域，为了解决模型对没有结合位点的阴性序列样本的依赖性同时提高模型泛化能力；本发明首先通过染色质免疫共沉淀技术特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，从而获得原始数据集；然后对原始数据集进行预处理，得到训练数据集；其次将训练数据集输入卷积自动编码器进行训练；最后根据训练完成的卷积自动编码器进行结合位点识别；实验证明本发明能够针对不同细胞系的不同转录因子结合位点预测，且具备高准确率识别的效果。

公开(公告)号：CN111312329A

公开(公告)日：2020-06-19

申请号：CN202010115572.X

申请日：2020-02-25

Applicant: 成都信息工程大学

Inventor： 张永清 ,  乔少杰 ,  郜东瑞 ,  曾圆麒 ,  陈庆园 ,  卢荣钊 ,  林志宇

IPC: G16B15/30 ,  G16B30/00 ,  G16B40/00 ,  G06N3/04

Abstract: 本发明公开一种基于深度卷积自动编码器的转录因子结合位点预测的方法，应用于计算机技术和生物信息技术领域，为了解决模型对没有结合位点的阴性序列样本的依赖性同时提高模型泛化能力；本发明首先通过染色质免疫共沉淀技术特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，从而获得原始数据集；然后对原始数据集进行预处理，得到训练数据集；其次将训练数据集输入卷积自动编码器进行训练；最后根据训练完成的卷积自动编码器进行结合位点识别；实验证明本发明能够针对不同细胞系的不同转录因子结合位点预测，且具备高准确率识别的效果。