公开(公告)号：CN109584967B

公开(公告)日：2023-05-02

申请号：CN201811404117.0

申请日：2018-11-23

Applicant: 复旦大学

Inventor： 张为华 ,  鲁云萍 ,  蒋金虎 ,  孙廷杰

IPC: G16B50/00 ,  G16B30/00 ,  G16B20/00

Abstract: 本发明属于并行处理技术领域，具体为一种蛋白质鉴定并行加速方法。本发明首先采用细粒度切分蛋白质库，通过设置低竞争缓冲区实现细粒度batch分配机制，然后通过数据结构的优化和内存分配器的优化实现对动态内存的优化，利用主线程和工作线程完成对蛋白质库的理论水解、匹配、打分和保存分数；最后通过调整计分流程，完成并行计分。本发明相较于传统蛋白质鉴定软件X！Tandem串行性能有20.5倍的性能提升。

公开(公告)号：CN109584967A

公开(公告)日：2019-04-05

申请号：CN201811404117.0

申请日：2018-11-23

Applicant: 复旦大学

Inventor： 张为华 ,  鲁云萍 ,  蒋金虎 ,  孙廷杰

IPC: G16B50/00 ,  G16B30/00 ,  G16B20/00

Abstract: 本发明属于并行处理技术领域，具体为一种蛋白质鉴定并行加速算法。本发明首先采用细粒度切分蛋白质库，通过设置低竞争缓冲区实现细粒度batch分配机制，然后通过数据结构的优化和内存分配器的优化实现对动态内存的优化，利用主线程和工作线程完成对蛋白质库的理论水解、匹配、打分和保存分数；最后通过调整计分流程，完成并行计分。本发明相较于传统蛋白质鉴定软件X！Tandem串行性能有20.5倍的性能提升。