公开(公告)号：CN106529212B

公开(公告)日：2019-01-25

申请号：CN201610911060.8

申请日：2016-10-19

Applicant: 哈尔滨工业大学深圳研究生院

Inventor： 刘滨 ,  陈俊杰 ,  郭明月

IPC: G16B30/00

Abstract: 本发明提供了种基于序列依赖频率矩阵的生物序列进化信息提取方法,其采用序列依赖频率矩阵SDFM进行生物序列进化信息提取,所述SDFM采用以下步骤获得:对于任意的生物序列,首先利用序列比对工具搜索对应的生物序列数据库,生成对应的多序列比对MSA;然后统计在多序列比对MSA中每个位点生物序列子串出现的频率,得到如式(1)所示的序列依赖频率矩阵SDFM。本发明的技术方案考虑到了生物序列中相邻位点的依赖关系,能够从多序列比对中提取出更多、更准确的功能、结构等生物序列进化特征,使得统计的概率分布信息包含了序列位点依赖关系信息。

公开(公告)号：CN106529212A

公开(公告)日：2017-03-22

申请号：CN201610911060.8

申请日：2016-10-19

Applicant: 哈尔滨工业大学深圳研究生院

Inventor： 刘滨 ,  陈俊杰 ,  郭明月

IPC: G06F19/22

Abstract: 本发明提供了一种基于序列依赖频率矩阵的生物序列进化信息提取方法，其采用序列依赖频率矩阵SDFM进行生物序列进化信息提取，所述SDFM采用以下步骤获得：对于任意的生物序列，首先利用序列比对工具搜索对应的生物序列数据库，生成对应的多序列比对MSA；然后统计在多序列比对MSA中每个位点生物序列子串出现的频率，得到如式（1）所示的序列依赖频率矩阵SDFM。本发明的技术方案考虑到了生物序列中相邻位点的依赖关系，能够从多序列比对中提取出更多、更准确的功能、结构等生物序列进化特征，使得统计的概率分布信息包含了序列位点依赖关系信息。