公开(公告)号：CN102880811A

公开(公告)日：2013-01-16

申请号：CN201210407490.8

申请日：2012-10-24

Applicant: 吉林大学

Inventor： 刘元宁 ,  余军 ,  张浩 ,  段云娜 ,  张晓旭 ,  胡名刚

IPC: G06F19/18

Abstract: 基于CPLD碱基片段编码和蚁群算法的RNA序列二级结构预测方法属生物信息学研究领域，本发明使用CPLD按照关联表将RNA序列重新编码。根据编码表和编码关联表中的对应值得到相应的编码序列，由完全匹配表和不完全匹配表，并通过“向右延伸”的策略剔除冗余茎区，得到所有可能的茎区集合，然后给出蚁群算法中二维的启发式信息、初始茎区和下一茎区的选取规则，以及信息素更新策略，构造所有可能的茎区集合的相容子集，最终得到自由能最小的二级结构；本发明能快速、准确、有效地预测不包含假结的RNA序列的二级结构，并将所得结果以括号法模式输出，在评判RNA序列二级结构预测优劣的两个参数方面，即敏感性和特异性，均优于目前主流预测技术。

公开(公告)号：CN101717822A

公开(公告)日：2010-06-02

申请号：CN200910218023.9

申请日：2009-12-16

Applicant: 吉林大学

Inventor： 刘元宁 ,  余军 ,  王刚 ,  张浩 ,  高娜 ,  张晓旭 ,  王俊勇

IPC: C12Q1/68 ,  G06F19/00

Abstract: 基于碱基片段编码和蚁群算法的RNA序列二级结构预测方法属生物信息学研究领域，本发明将RNA序列重新编码，根据编码表和编码关联表中的对应值得到相应的编码序列，由完全匹配表和不完全匹配表，并通过“向右延伸”的策略剔除冗余茎区，得到所有可能的有用的茎区集合，然后给出蚁群算法中二维的启发式信息、初始茎区和下一茎区的选取规则，以及信息素更新策略，构造所有可能的茎区集合的相容子集，最终得到自由能最小的二级结构；本发明能快速、准确、有效地预测不包含假结的RNA序列的二级结构，并将所得结果以括号法模式输出，对RNA序列二级结构预测在敏感性和特异性方面，均优于目前主流预测技术。