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公开(公告)号：CN112863599B
公开(公告)日：2022-10-14
申请号：CN202110271331.9
申请日：2021-03-12
Applicant: 南开大学
IPC: G16B30/00
Abstract: 本发明公开一种病毒测序序列的自动化分析方法及系统，包括：对病毒测序序列经质量控制和序列组装后得到病毒基因组长序列；对病毒基因组长序列进行编码后采用预先训练的深度学习网络模型进行类型鉴定；根据病毒基因组长序列与参考基因组的序列比对进行病毒测序序列的注释。针对大量增长的病毒测序数据量以及硬盘空间被大量占用的问题，本发明引入深度学习构建鉴定模型，在实现病毒类型鉴定的同时，提供病毒注释功能。
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公开(公告)号：CN114944197A
公开(公告)日：2022-08-26
申请号：CN202210540274.4
申请日：2022-05-18
Applicant: 南开大学
Abstract: 本申请提供一种基于测序数据的自动化血清型分析鉴定方法及系统，涉及基因测序数据分析技术领域，该方法包括：获取微生物基因组测序数据；将微生物基因组测序数据与关键等位基因数据库中的各关键等位基因进行比对，记录相似度大于预设阈值的关键等位基因和相应的比对评分；根据关键等位基因和相应的比对评分，确定微生物基因组测序数据所属的生物体；使用生物体的关键等位基因，确定序列型数据库中的序列型；使用序列型搜索血清型数据库，根据序列型和血清型之间的映射关系确定微生物基因组测序数据的血清型，以实现生物信息学分析鉴定的自动化，同时，能够针对不同平台产生的短读长和长读长测序数据进行定制的生物信息学分析，得到准确的分析结果。
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公开(公告)号：CN112863603A
公开(公告)日：2021-05-28
申请号：CN202110271336.1
申请日：2021-03-12
Applicant: 南开大学
IPC: G16B30/10
Abstract: 本公开提供了一种细菌全基因组测序数据的自动化分析方法，包括：获取细菌基因组测序数据，判断测序数据类型；根据测序数据的类型分别进行相应预处理；根据用户选择的分析类型及预设的工具软件和软件参数，对预处理后的测序数据进行重测序分析和从头测序分析；实现细菌全基因组的鉴定和注释。所述方案提供了一种用户友好的自动化分析方法，对于没有专业生物信息学知识的研究人员和临床医生，自动化了生物信息学分析步骤，包括测序质量控制、重测序和从头组装、相似细菌参考基因组鉴定、细菌基因组注释，同时，能够针对不同平台产生的短读长和长读长测序数据进行定制的生物信息学分析，获得准确的分析结果。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN113035277A
公开(公告)日：2021-06-25
申请号：CN202110271328.7
申请日：2021-03-12
Applicant: 南开大学
Abstract: 本公开提供了一种真菌基因组测序数据自动分析方法及系统，包括：获取真菌基因组测序数据，判断测序数据类型；根据测序数据的类型分别进行相应预处理；将预处理后的测序数据进行组装，得到组装后的contigs；基于基因组序列对比对contigs的相似参考基因组进行初步筛选，获得候选参考基因组；利用MinHash数据结构从候选参考基因组中估算所述contigs的相似参考基因组，实现真菌基因组鉴定；并利用获得的相似参考基因组对所述contigs进行下游分析；实现真菌基因组测序数据的自动分析；所述方案基于序列比对和MinHash数据结构对真菌全基因组进行鉴定，可以在实现对真菌种类进行鉴定的同时，找到与真菌同源性最高的参考基因组，从而便于下游分析。
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公开(公告)号：CN112863599A
公开(公告)日：2021-05-28
申请号：CN202110271331.9
申请日：2021-03-12
Applicant: 南开大学
IPC: G16B30/00
Abstract: 本发明公开一种病毒测序序列的自动化分析方法及系统，包括：对病毒测序序列经质量控制和序列组装后得到病毒基因组长序列；对病毒基因组长序列进行编码后采用预先训练的深度学习网络模型进行类型鉴定；根据病毒基因组长序列与参考基因组的序列比对进行病毒测序序列的注释。针对大量增长的病毒测序数据量以及硬盘空间被大量占用的问题，本发明引入深度学习构建鉴定模型，在实现病毒类型鉴定的同时，提供病毒注释功能。
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公开(公告)号：CN114944197B
公开(公告)日：2024-06-25
申请号：CN202210540274.4
申请日：2022-05-18
Applicant: 南开大学
Abstract: 本申请提供一种基于测序数据的自动化血清型分析鉴定方法及系统，涉及基因测序数据分析技术领域，该方法包括：获取微生物基因组测序数据；将微生物基因组测序数据与关键等位基因数据库中的各关键等位基因进行比对，记录相似度大于预设阈值的关键等位基因和相应的比对评分；根据关键等位基因和相应的比对评分，确定微生物基因组测序数据所属的生物体；使用生物体的关键等位基因，确定序列型数据库中的序列型；使用序列型搜索血清型数据库，根据序列型和血清型之间的映射关系确定微生物基因组测序数据的血清型，以实现生物信息学分析鉴定的自动化，同时，能够针对不同平台产生的短读长和长读长测序数据进行定制的生物信息学分析，得到准确的分析结果。
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公开(公告)号：CN115273988A
公开(公告)日：2022-11-01
申请号：CN202210939726.6
申请日：2022-08-05
Applicant: 南开大学
Abstract: 本发明提出了一种交互式基因组浏览分析及可视化方法及系统，自动化生物信息学分析步骤，构建数据库构建及比对测序数据，交互式基因组比较和浏览可视化，能够针对用户输入的测序数据，提供了一种新的数据库用于基因组测序数据检索和比对，并且将多个方面的分析功能联系起来，进行定制的生物信息学分析，获得准确的分析结果。
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公开(公告)号：CN118098342A
公开(公告)日：2024-05-28
申请号：CN202410249959.2
申请日：2024-03-05
Applicant: 南开大学
IPC: G16B15/30
Abstract: 本发明涉及合成生物学基因编辑技术领域，提供了一种CRISPR脱靶效应预测方法与系统。该方法包括，获取中靶脱靶序列对、中靶序列和脱靶序列；对中靶脱靶序列对、中靶序列和脱靶序列均进行词嵌入编码和位置编码处理，得到中靶脱靶序列对特征、中靶序列特征和脱靶序列特征；将中靶脱靶序列对特征、中靶序列特征和脱靶序列特征分别输入到三个网络分支中进行特征提取，得到第一特征、第二特征和第三特征；将第一特征、第二特征和第三特征进行融合，经全连接层，得到预测值。
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