公开(公告)号：CN117497059A

公开(公告)日：2024-02-02

申请号：CN202311514891.8

申请日：2023-11-15

Applicant: 南京工业大学

Inventor： 刘辉 ,  高钱满 ,  罗居东

IPC: G16B35/20 ,  G16B50/00 ,  G16B40/30 ,  G16B45/00 ,  G16B30/10

Abstract: 一种基于单细胞空间转录图谱的肺腺癌预后分子筛选方法，通过生物信息学方法整合分析肺腺癌组织学模式lepidic和solid的单细胞测序和高通量测序数据，得到预后分子NECTIN2和PVR，并使用多重免疫荧光实验和空间转录组数据进行验证。具体包括：两种组织学模式患者的单细胞测序数据进行细胞质控、标准化、降维、聚类、细胞类型注释；对肿瘤细胞和免疫细胞进行细胞通讯分析，获得显著的共抑制受体配体对TIGIT_NECTIN2和TIGIT_PVR；使用高通量测序数据分析肿瘤细胞相关分子NECTIN2和PVR的预后情况；通过两种组织学模式患者的多重免疫荧光实验和空间转录组数据验证上述分子在不同模式中的表达差异和空间分布。

公开(公告)号：CN118116453A

公开(公告)日：2024-05-31

申请号：CN202410114732.7

申请日：2024-01-26

Applicant: 南京工业大学

Inventor： 郑玲惠 ,  罗居东 ,  刘辉

IPC: G16B15/30 ,  G16B30/00 ,  G16B40/30 ,  G16B50/10

Abstract: 本发明提供了一种基于单细胞空间转录组的食管癌治疗靶点筛选方法。通过生物信息学方法整合分析食管癌的单细胞测序数据，得到一对影响食管癌预后的蛋白SPP1和CD44，并使用空间转录组和TCGA公共数据库数据进行验证。步骤包括：收集经过新辅助放化疗后的肿瘤以及癌旁组织，对两个样本的单细胞测序数据进行细胞质控、标准化、降维、聚类、细胞类型注释；对两组样本进行细胞通讯分析，获得在肿瘤相关巨噬细胞中具有显著作用的受配体对：SPP1_CD44；使用公共数据库TCGA分析肿瘤相关巨噬细胞蛋白SPP1和CD44的预后情况；通过对患者的组织切片进行实验，收集到空间转录组数据后，结合单细胞数据验证上述蛋白在空间转录组的不同样本中的表达差异和空间分布。