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公开(公告)号：CN110471642A
公开(公告)日：2019-11-19
申请号：CN201810453228.4
申请日：2018-05-10
Applicant: 南京大学
IPC: G06F7/20
Abstract: 本发明公开了一种基于Smith-Waterman算法的并行处理硬件加速单元。本并行加速单元由三个模块组成，匹配模块比较两个基因字符串的输入得到相似得分值x(i，j)；超前计算模块利用相似得分值计算得到超前计算项；计算得分模块通过传入的初始值和超前计算项同时计算输出16个得分值。将此并行处理单元组成脉动阵列结构，可以提高并行度，非常高效地处理两个基因序列的比对得到得分矩阵用以回溯找到最优的比对模型，提高了处理速度，减少了运算时间。
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