公开(公告)号：CN108977557B

公开(公告)日：2020-02-21

申请号：CN201810959071.2

申请日：2018-08-22

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 沈其荣 ,  张扬 ,  李荣 ,  张楠 ,  朱成之 ,  刘红军

IPC: C12Q1/689 ,  C12Q1/686 ,  C12Q1/04 ,  C12N15/11 ,  C12R1/07

Abstract: 本发明公开了甲基营养型芽孢杆菌菌种特异性定量PCR引物及其设计方法。本发明首先将甲基营养型芽孢杆菌NJAU‑Z9全基因组序列在NCBI和EzTaxon数据库中进行比对，选出没有匹配的大于500bp的基因组片段，再利用Oligo 6软件进行引物序列设计，设定产物大小为70‑250bp，引物长度为22±2bp，最后通过与同属不同种菌株依次交叉进行扩增特异性检验，土壤添加NJAU‑Z9进行扩增特异性再检测，并结合盆栽土壤实际检测等步骤，筛选出一对最优的甲基营养型芽孢杆菌NJAU‑Z9定量PCR引物。本发明的引物设计方法和设计的菌株特异性引物能够为其他菌株的定量PCR特异性引物设计和甲基营养型芽孢杆菌NJAU‑Z9的定量提供方法。

公开(公告)号：CN108977557A

公开(公告)日：2018-12-11

申请号：CN201810959071.2

申请日：2018-08-22

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 沈其荣 ,  张扬 ,  李荣 ,  张楠 ,  朱成之 ,  刘红军

IPC: C12Q1/689 ,  C12Q1/686 ,  C12Q1/04 ,  C12N15/11 ,  C12R1/07

Abstract: 本发明公开了甲基营养型芽孢杆菌菌种特异性定量PCR引物及其设计方法。本发明首先将甲基营养型芽孢杆菌NJAU-Z9全基因组序列在NCBI和EzTaxon数据库中进行比对，选出没有匹配的大于500bp的基因组片段，再利用Oligo 6软件进行引物序列设计，设定产物大小为70-250bp，引物长度为22±2bp，最后通过与同属不同种菌株依次交叉进行扩增特异性检验，土壤添加NJAU-Z9进行扩增特异性再检测，并结合盆栽土壤实际检测等步骤，筛选出一对最优的甲基营养型芽孢杆菌NJAU-Z9定量PCR引物。本发明的引物设计方法和设计的菌株特异性引物能够为其他菌株的定量PCR特异性引物设计和甲基营养型芽孢杆菌NJAU-Z9的定量提供方法。