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公开(公告)号：CN104651517B
公开(公告)日：2017-05-31
申请号：CN201510092169.9
申请日：2015-03-02
Applicant: 南京农业大学
Abstract: 本发明公开了一种基于SNPLDB标记的限制性二阶段全基因组关联分析方法，以解决传统方法无法估计复等位基因信息、假阳性率高以及在近交作物中检测功效低的问题。本发明结合基于单倍型区块构建的SNPLDB标记、近交群体关联分析模型偏差的矫正和多位点模型下二阶段关联分析策略，建立了适合于近交作物常规育种的GWAS方法。该方法将SNPLDB标记用于GWAS，为复等位基因估计提供了方法，第一阶段基于单位点模型来筛选候选位点，第二阶段基于多位点模型下的逐步回归分析方法作进一步筛选以平衡缺失遗传率和遗传率估计过高的问题，从而将最终遗传模型的解释率控制到性状遗传率。GWAS使用由SNPLDB标记估计的相似系数矩阵的特征向量和合适的显著水平来提高定位的准确性和功效。
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公开(公告)号：CN104651517A
公开(公告)日：2015-05-27
申请号：CN201510092169.9
申请日：2015-03-02
Applicant: 南京农业大学
Abstract: 本发明公开了一种基于SNPLDB标记的限制性二阶段全基因组关联分析方法，以解决传统方法无法估计复等位基因信息、假阳性率高以及在近交作物中检测功效低的问题。本发明结合基于单倍型区块构建的SNPLDB标记、近交群体关联分析模型偏差的矫正和多位点模型下二阶段关联分析策略，建立了适合于近交作物常规育种的GWAS方法。该方法将SNPLDB标记用于GWAS，为复等位基因估计提供了方法，第一阶段基于单位点模型来筛选候选位点，第二阶段基于多位点模型下的逐步回归分析方法作进一步筛选以平衡缺失遗传率和遗传率估计过高的问题，从而将最终遗传模型的解释率控制到性状遗传率。GWAS使用由SNPLDB标记估计的相似系数矩阵的特征向量和合适的显著水平来提高定位的准确性和功效。
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