公开(公告)号：CN115662516A

公开(公告)日：2023-01-31

申请号：CN202211393619.4

申请日：2022-11-08

Applicant: 华中科技大学

Inventor： 陈卫华 ,  吴英健 ,  高娜

IPC: G16B30/00 ,  G16B40/00 ,  G16B40/20 ,  G06F18/24 ,  G06F18/23

Abstract: 本发明公开了一种基于二代测序技术的高通量预测噬菌体宿主的分析方法，包括对测序数据分别进行质量控制，得到细菌的clean reads和病毒的clean reads，对质控后的细菌数据进行组装得到细菌contigs序列，对细菌contigs序列进行分箱，得到bins，bins进行质控和去冗余，得到非冗余的高质量宏基因组组装基因组(MAGs)并对其进行物种注释。对质控后的病毒clean reads进行组装得到病毒contigs序列，对病毒序列进行质控得到高质量的病毒contigs并对其进行噬菌体的物种注释，最后预测噬菌体及其宿主，并对预测结果进行精准性评估。本发明提出了可靠的基于二代测序技术的高通量预测噬菌体宿主的分析方法，其实现方法简单，应用范围广泛。

公开(公告)号：CN115691679A

公开(公告)日：2023-02-03

申请号：CN202211393634.9

申请日：2022-11-08

Applicant: 华中科技大学

Inventor： 陈卫华 ,  孙楚晴 ,  高娜

IPC: G16B40/30 ,  G16B40/20 ,  G16B30/10 ,  G16B30/20 ,  G16B50/10

Abstract: 本发明公开了一种基于二代和三代测序技术的宏病毒组分析方法，包括对二代测序原始数据进行质量控制和过滤，得到clean reads，对质控后的数据进行单样本和多样本组装得到contigs序列；对三代测序原始数据进行校正和质量控制，得到clean长序列，对质控后的三代数据进行组装得到contigs序列；对二三代测序的质控后数据进行混合组装得到contigs序列；将所有contig合并构建非冗余的contigs集合；最后进行病毒的识别和判定、病毒的物种注释和功能注释。本发明提出了可靠的基于二代和三代测序技术的宏病毒组的分析方法，其实现方法简单，应用范围广泛。