一种基于参考基因组和从头组装相结合的二代测序数据组装方法

    公开(公告)号:CN105303068A

    公开(公告)日:2016-02-03

    申请号:CN201510706400.9

    申请日:2015-10-27

    Abstract: 本发明涉及一种基于参考基因组和从头组装相结合的二代测序数据组装方法。将基于参考基因组组装和基因组从头组装这两种策略结合起来,来克服这两者的劣势,同时充分利用这两者的优势。首先,利用基于参考基因组的策略获得一个连续性和准确率较好的基因组序列。然后,利用从头组装的策略获得一个从头组装的基因组,该基因组对物种特异性序列的组装方面表现较好。最后,将这两个基因组整合到一起,产生一个在准确率、连续性和完整性都较好的基因组。

    一种筛选疾病药物靶标和靶标组合的方法及系统

    公开(公告)号:CN108647489B

    公开(公告)日:2020-06-30

    申请号:CN201810461277.2

    申请日:2018-05-15

    Abstract: 本发明公开一种筛选疾病药物靶标和药物靶标组合的方法及系统,该方法包括:根据蛋白质在疾病细胞系与正常组织间的差异表达数据构建自动编码器;根据所述自动编码器计算基因的敲除效应,构建敲除网络;根据所述敲除网络预测疾病相关蛋白质;所述相关蛋白质即为药物靶标;根据所述敲除网络预测疾病相关蛋白质的组合,所述相关蛋白质的组合即为药物靶标组合。通过本方法或系统可以同时预测疾病相关蛋白质和蛋白质的组合效应。

    一种基于存在/缺失变异的泛基因组构建方法

    公开(公告)号:CN109698009A

    公开(公告)日:2019-04-30

    申请号:CN201910156551.X

    申请日:2019-03-01

    Abstract: 本发明提供了一种基于存在/缺失变异的泛基因组构建方法,涉及泛基因组构建技术领域。本发明所述构建方法,输入非常简单,只需要一个个体的基因组以及相应的注释文件作为参考基因组,其他个体的基因组和注释文件作为查询(query)基因组,便可以用参考基因组为骨架,构建包含所有查询基因组完整信息并且已经注释好的泛基因组。利用PAVs构建物种的泛基因组,构建方法简单,构建出的泛基因组不但包含完整的DNA序列,也包括相应的基因注释,为后续分析提供了一个非常完整的参考。

    一种筛选疾病药物靶标和靶标组合的方法及系统

    公开(公告)号:CN108647489A

    公开(公告)日:2018-10-12

    申请号:CN201810461277.2

    申请日:2018-05-15

    Abstract: 本发明公开一种筛选疾病药物靶标和药物靶标组合的方法及系统,该方法包括:根据蛋白质在疾病细胞系与正常组织间的差异表达数据构建自动编码器;根据所述自动编码器计算基因的敲除效应,构建敲除网络;根据所述敲除网络预测疾病相关蛋白质;所述相关蛋白质即为药物靶标;根据所述敲除网络预测疾病相关蛋白质的组合,所述相关蛋白质的组合即为药物靶标组合。通过本方法或系统可以同时预测疾病相关蛋白质和蛋白质的组合效应。

    一种基于参考基因组和从头组装相结合的二代测序数据组装方法

    公开(公告)号:CN105303068B

    公开(公告)日:2017-11-21

    申请号:CN201510706400.9

    申请日:2015-10-27

    Abstract: 本发明涉及一种基于参考基因组和从头组装相结合的二代测序数据组装方法。将基于参考基因组组装和基因组从头组装这两种策略结合起来,来克服这两者的劣势,同时充分利用这两者的优势。首先,利用基于参考基因组的策略获得一个连续性和准确率较好的基因组序列。然后,利用从头组装的策略获得一个从头组装的基因组,该基因组对物种特异性序列的组装方面表现较好。最后,将这两个基因组整合到一起,产生一个在准确率、连续性和完整性都较好的基因组。

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