基于基因组测序的体细胞突变位点挖掘方法

    公开(公告)号:CN104946765A

    公开(公告)日:2015-09-30

    申请号:CN201510357924.1

    申请日:2015-06-25

    CPC classification number: C12Q1/6827 C12Q2600/13 C12Q2600/156

    Abstract: 本发明公开了一种基于基因组测序的体细胞突变位点挖掘方法。本发明通过对野生型柚和突变型柚的各个组织的深度重测序,对得到的高质量的测序reads和甜橙基因组进行比对获得各组材料的单核苷酸多态性位点(SNP)。基于这些全基因组分布的SNP位点,对野生型柚和突变型柚设计case-control型的关联分析,得到突变相关的候选位点,对这些候选位点进行注释,并推测性状相关变异发生的染色体区域,最后利用Sanger测序方法对候选位点进行验证,获得了突变型柚的变异位点。该方法最大的优势在于低成本、周期短。完成一个突变体突变位点挖掘的成本在2万元左右,在3个月时间内可完成,体现了基因组前沿技术和柑橘传统育种研究的结合与创新探索。本发明还公开了所述方法的开发及应用。

    柑橘株高调控基因CitBBX及其应用

    公开(公告)号:CN118028314A

    公开(公告)日:2024-05-14

    申请号:CN202410380644.1

    申请日:2024-03-30

    Abstract: 本发明公开了一种柑橘株高调控基因CitBBX及其应用,所述调控基因CitBBX为CitBBX19或CitBBX22,其核苷酸序列如SEQ IDNo.1和SEQ ID No.2所示。本发明验证了柑橘株高调控基因CitBBX19和CitBBX22基因在柑橘植株节间伸长和株高生长发育中的功能,为通过分子育种方式进行柑橘矮化品种培育提供了有价值的基因资源。本发明将CitBBX19导入柑橘,转基因植株的株高得到了显著增加,而在柑橘中编辑CitBBX19,转基因植株的株高显著降低。将CitBBX22导入柑橘,转基因植株的株高显著降低,而在柑橘中编辑CitBBX22,转基因植株的株高显著增加。

    适用于鉴别红肉蜜柚、白肉蜜柚和黄肉蜜柚的CAPS分子标记及其应用

    公开(公告)号:CN110468127B

    公开(公告)日:2022-06-21

    申请号:CN201910858885.1

    申请日:2019-09-11

    Abstract: 本发明涉及柑橘分子育种技术领域,公开了一种适用于鉴别红肉蜜柚、白肉蜜柚和黄肉蜜柚的CAPS分子标记及其应用;适用于鉴别琯溪蜜柚不同芽变品种,包括红肉蜜柚,白肉蜜柚和黄肉蜜柚的分子标记及其应用,本发明利用己知位点的DNA序列信息设计出一套特异性的PCR引物,然后用这些引物扩增该位点上的某一DNA片段,接着用一种专一性的限制性内切酶切割所得扩增产物,凝胶电泳分离酶切片段,再通过分析电泳结果进行不同材料的鉴别;开发出了酶切扩增多态性序列(CAPS)分子标记,该分子标记可以用于琯溪蜜柚苗木早期品种的鉴定,结果准确可靠。

    柑橘株高调控基因CitBBX及其应用

    公开(公告)号:CN118028314B

    公开(公告)日:2025-03-07

    申请号:CN202410380644.1

    申请日:2024-03-30

    Abstract: 本发明公开了一种柑橘株高调控基因CitBBX及其应用,所述调控基因CitBBX为CitBBX19或CitBBX22,其核苷酸序列如SEQ IDNo.1和SEQ ID No.2所示。本发明验证了柑橘株高调控基因CitBBX19和CitBBX22基因在柑橘植株节间伸长和株高生长发育中的功能,为通过分子育种方式进行柑橘矮化品种培育提供了有价值的基因资源。本发明将CitBBX19导入柑橘,转基因植株的株高得到了显著增加,而在柑橘中编辑CitBBX19,转基因植株的株高显著降低。将CitBBX22导入柑橘,转基因植株的株高显著降低,而在柑橘中编辑CitBBX22,转基因植株的株高显著增加。

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