公开(公告)号：CN109448794B

公开(公告)日：2021-04-30

申请号：CN201811287261.0

申请日：2018-10-31

Applicant: 华中农业大学

Inventor： 刘建晓 ,  果杨 ,  钟芷漫 ,  杨晨 ,  胡江峰 ,  蒋雅玲 ,  梁子珍 ,  高辉

IPC: G16B40/00 ,  G06N3/12

Abstract: 本发明公开了一种基于遗传禁忌和贝叶斯网络的上位性位点挖掘方法，包括：1、将基因型数据转换为二进制表示的布尔型数据；2、利用逻辑与操作快速地计算任意SNP位点对与表型间条件互信息，取出top‑N节点对，构建包含SNP位点的初始网络图；3、基于初始网络个体，通过随机增加边、删除边、逆转边生成新的个体，直到网络个体数量达到种群大小规模；4、通过遗传算法的三种操作与贝叶斯网络的打分机制，对贝叶斯网络结构进行演化，找到网络结构的最优解，快速准确的获取到影响表型性状的上位性基因位点。本发明可以帮助生物学研究者得到影响特定表型性状的上位性基因位点，进而辅助基因功能挖掘，以及为不同物种的复杂数量性状的遗传基础解析提供借鉴。

公开(公告)号：CN109448794A

公开(公告)日：2019-03-08

申请号：CN201811287261.0

申请日：2018-10-31

Applicant: 华中农业大学

Inventor： 刘建晓 ,  果杨 ,  钟芷漫 ,  杨晨 ,  胡江峰 ,  蒋雅玲 ,  梁子珍 ,  高辉

IPC: G16B40/00 ,  G06N3/12

Abstract: 本发明公开了一种基于遗传禁忌和贝叶斯网络的上位性位点挖掘方法，包括：1、将基因型数据转换为二进制表示的布尔型数据；2、利用逻辑与操作快速地计算任意SNP位点对与表型间条件互信息，取出top-N节点对，构建包含SNP位点的初始网络图；3、基于初始网络个体，通过随机增加边、删除边、逆转边生成新的个体，直到网络个体数量达到种群大小规模；4、通过遗传算法的三种操作与贝叶斯网络的打分机制，对贝叶斯网络结构进行演化，找到网络结构的最优解，快速准确的获取到影响表型性状的上位性基因位点。本发明可以帮助生物学研究者得到影响特定表型性状的上位性基因位点，进而辅助基因功能挖掘，以及为不同物种的复杂数量性状的遗传基础解析提供借鉴。