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公开(公告)号：CN112735519A
公开(公告)日：2021-04-30
申请号：CN202110031263.9
申请日：2021-01-11
Applicant: 华中农业大学
IPC: G16B20/20
Abstract: 本发明提供一种定位偏分离性状的方法、装置及存储介质，方法包括：导入遗传群体待定位表型数据、遗传群体父母本及子代的基因型变异信息和基因组参考信息，对参考信息进行数据窗口划分，在多个数据窗口内对变异信息进行偏分离程度分析处理，得到待比较偏分离程度信息，从变异信息中提取相对性状的偏分离效应去除变异文件和偏分离效应增加变异文件，对其进行偏分离程度分析处理，得到第一和第二偏分离程度信息，将第一和第二偏分离程度信息与待比较偏分离程度信息进行比较，根据比较结果得到偏分离性状定位区段。本发明能够快速且准确地得到偏分离性状定位区段，解决了偏分离的性状不能定位的问题。
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公开(公告)号：CN112735519B
公开(公告)日：2022-08-30
申请号：CN202110031263.9
申请日：2021-01-11
Applicant: 华中农业大学
IPC: G16B20/20
Abstract: 本发明提供一种定位偏分离性状的方法、装置及存储介质，方法包括：导入遗传群体待定位表型数据、遗传群体父母本及子代的基因型变异信息和基因组参考信息，对参考信息进行数据窗口划分，在多个数据窗口内对变异信息进行偏分离程度分析处理，得到待比较偏分离程度信息，从变异信息中提取相对性状的偏分离效应去除变异文件和偏分离效应增加变异文件，对其进行偏分离程度分析处理，得到第一和第二偏分离程度信息，将第一和第二偏分离程度信息与待比较偏分离程度信息进行比较，根据比较结果得到偏分离性状定位区段。本发明能够快速且准确地得到偏分离性状定位区段，解决了偏分离的性状不能定位的问题。
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公开(公告)号：CN112562786B
公开(公告)日：2022-07-26
申请号：CN202011551921.9
申请日：2020-12-24
Applicant: 华中农业大学
Abstract: 本发明提供一种基于遗传群体组装基因组的方法、装置及存储介质，方法包括：导入待质量提升基因组信息以及杂交群体父母本及子代的基因组遗传信息和遗传图谱信息；对待质量提升基因组信息进行类型划分，得到序列定位到染色体的第一组别和序列未定位到染色体的第二组别，建立第一算法模型和第二算法模型，通过模型得到第二组别在对应染色体上的位置信息，根据所有的位置信息得到质量提升的基因组信息。本发明通过建立的第一算法模型得到异常定位基因组对应的染色体信息，并通过建立的第二算法模型来预测得到基因组信息与对应染色体的遗传距离，从而确定基因组信息对应染色体上的位置，实现了将所有的基因组全部比对到染色体上并定位完成。
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公开(公告)号：CN112562786A
公开(公告)日：2021-03-26
申请号：CN202011551921.9
申请日：2020-12-24
Applicant: 华中农业大学
Abstract: 本发明提供一种基于遗传群体组装基因组的方法、装置及存储介质，方法包括：导入待质量提升基因组信息以及杂交群体父母本及子代的基因组遗传信息和遗传图谱信息；对待质量提升基因组信息进行类型划分，得到序列定位到染色体的第一组别和序列未定位到染色体的第二组别，建立第一算法模型和第二算法模型，通过模型得到第二组别在对应染色体上的位置信息，根据所有的位置信息得到质量提升的基因组信息。本发明通过建立的第一算法模型得到异常定位基因组对应的染色体信息，并通过建立的第二算法模型来预测得到基因组信息与对应染色体的遗传距离，从而确定基因组信息对应染色体上的位置，实现了将所有的基因组全部比对到染色体上并定位完成。
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公开(公告)号：CN115976257B
公开(公告)日：2025-03-25
申请号：CN202211286715.9
申请日：2022-10-20
Applicant: 华中农业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12Q1/6858 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种用于鉴定宗橙的KASP分子标记物及其应用。该标记的开发基于柑橘滞绿基因CsSGRa编码区两个连续的SNP位点，宗橙该位点的核苷酸类型为TA，对照品种该位点的核苷酸类型为GT。利用本发明公开的用于扩增所述位点的正反向引物及技术方案，我们可将宗橙与同为甜橙且具有滞绿表型的澳大利亚巧克力橙、新宗橙明显区分，也可以将其与其他78个供试柑橘品种明显区分。本发明提供的分子标记可以简单准确高效地鉴别宗橙及其近似品种，为宗橙果品及苗木的防伪、鉴定和品种权益保护提供了有效的技术支持，对于宗橙产业的规范和稳定发展具有重要意义。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN112289384A
公开(公告)日：2021-01-29
申请号：CN202011104524.7
申请日：2020-10-15
Applicant: 华中农业大学
IPC: G16B50/00 , G16B50/30 , G16B30/10 , C12Q1/6895
Abstract: 本发明提供一种柑橘全基因组KASP标记库的构建方法及应用，属于KASP标记库技术领域。所述柑橘KASP标记库的构建方法，包括如下步骤：导入群体父母本DNA样本以及杂交子代单株DNA样本；滤除样本中的偏分离位点；将过滤后的基因组VCF文件中的未知基因型数据进行基因型填充；对经填充的基因组VCF文件中的单碱基变异SNP数据进行过滤处理，得到最终基因组VCF文件；将最终基因组VCF文件导入KASP标记生成软件中，生成柑橘KASP标记库。本发明还公开了上述构建的柑橘KASP标记库的应用。本发明的KASP标记库可用于鉴定表型，具有高效、准确的优点。
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公开(公告)号：CN112289384B
公开(公告)日：2024-02-20
申请号：CN202011104524.7
申请日：2020-10-15
Applicant: 华中农业大学
IPC: G16B50/00 , G16B50/30 , G16B30/10 , C12Q1/6895
Abstract: 本发明提供一种柑橘全基因组KASP标记库的构建方法及应用，属于KASP标记库技术领域。所述柑橘KASP标记库的构建方法，包括如下步骤：导入群体父母本DNA样本以及杂交子代单株DNA样本；滤除样本中的偏分离位点；将过滤后的基因组VCF文件中的未知基因型数据进行基因型填充；对经填充的基因组VCF文件中的单碱基变异SNP数据进行过滤处理，得到最终基因组VCF文件；将最终基因组VCF文件导入KASP标记生成软件中，生成柑橘KASP标记库。本发明还公开了上述构建的柑橘KASP标记库的应用。本发明的KASP标记库可用于鉴定表型，具有高效、准确的优点。
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公开(公告)号：CN115976257A
公开(公告)日：2023-04-18
申请号：CN202211286715.9
申请日：2022-10-20
Applicant: 华中农业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12Q1/6858 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种用于鉴定宗橙的KASP分子标记物及其应用。该标记的开发基于柑橘滞绿基因CsSGRa编码区两个连续的SNP位点，宗橙该位点的核苷酸类型为TA，对照品种该位点的核苷酸类型为GT。利用本发明公开的用于扩增所述位点的正反向引物及技术方案，我们可将宗橙与同为甜橙且具有滞绿表型的澳大利亚巧克力橙、新宗橙明显区分，也可以将其与其他78个供试柑橘品种明显区分。本发明提供的分子标记可以简单准确高效地鉴别宗橙及其近似品种，为宗橙果品及苗木的防伪、鉴定和品种权益保护提供了有效的技术支持，对于宗橙产业的规范和稳定发展具有重要意义。
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公开(公告)号：CN112182247B
公开(公告)日：2022-09-27
申请号：CN202011104688.X
申请日：2020-10-15
Applicant: 华中农业大学
Abstract: 本发明公开了一种遗传群体图谱构建方法、系统、存储介质及电子设备，涉及遗传学领域。该方法包括：一种遗传群体图谱构建方法，包括：步骤1、获取矫正后的变异类型数据文件；步骤2、对所述变异类型数据文件中的子代变异类型数据进行处理得到重组交换位点；步骤3、根据所述重组交换位点确定n个bin区间；步骤4、确定每个bin区间的子代基因类型；步骤5、将每个bin区间的子代基因类型输入至joinmap4.0中得到图谱。本发明能够解决处理时间过长问题，避免偏分离问题，实现精准构建谱图。
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公开(公告)号：CN112182247A
公开(公告)日：2021-01-05
申请号：CN202011104688.X
申请日：2020-10-15
Applicant: 华中农业大学
Abstract: 本发明公开了一种遗传群体图谱构建方法、系统、存储介质及电子设备，涉及遗传学领域。该方法包括：一种遗传群体图谱构建方法，包括：步骤1、获取矫正后的变异类型数据文件；步骤2、对所述变异类型数据文件中的子代变异类型数据进行处理得到重组交换位点；步骤3、根据所述重组交换位点确定n个bin区间；步骤4、确定每个bin区间的子代基因类型；步骤5、将每个bin区间的子代基因类型输入至joinmap4.0中得到图谱。本发明能够解决处理时间过长问题，避免偏分离问题，实现精准构建谱图。
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