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公开(公告)号：CN113628112A
公开(公告)日：2021-11-09
申请号：CN202110914432.3
申请日：2021-08-10
Applicant: 北京科技大学 , 北京科技大学顺德研究生院
Abstract: 本发明公开了一种Hi‑C数据分辨率增强方法及装置，所述方法包括：获取原始高分辨率Hi‑C数据和原始高分辨率Hi‑C数据所在细胞系的表观基因组数据；对原始高分辨率Hi‑C数据和表观基因组数据进行预处理，得到原始高分辨率Hi‑C数据对应的Hi‑C数据矩阵和表观基因组数据的相关性矩阵；通过Hi‑C数据矩阵和相关性矩阵对预设的神经网络进行训练，得到分辨率增强模型；基于分辨率增强模型，根据分辨率待增强的Hi‑C数据和对应的表观基因组数据，得到相应的增强后的Hi‑C数据。本发明可以适用于具备多种低分辨率Hi‑C数据和表观基因组数据情况下，实现将低分辨率Hi‑C数据增强至1kb高分辨率。
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公开(公告)号：CN113628112B
公开(公告)日：2024-07-12
申请号：CN202110914432.3
申请日：2021-08-10
Applicant: 北京科技大学 , 北京科技大学顺德研究生院
Abstract: 本发明公开了一种Hi‑C数据分辨率增强方法及装置，所述方法包括：获取原始高分辨率Hi‑C数据和原始高分辨率Hi‑C数据所在细胞系的表观基因组数据；对原始高分辨率Hi‑C数据和表观基因组数据进行预处理，得到原始高分辨率Hi‑C数据对应的Hi‑C数据矩阵和表观基因组数据的相关性矩阵；通过Hi‑C数据矩阵和相关性矩阵对预设的神经网络进行训练，得到分辨率增强模型；基于分辨率增强模型，根据分辨率待增强的Hi‑C数据和对应的表观基因组数据，得到相应的增强后的Hi‑C数据。本发明可以适用于具备多种低分辨率Hi‑C数据和表观基因组数据情况下，实现将低分辨率Hi‑C数据增强至1kb高分辨率。
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公开(公告)号：CN117766027B
公开(公告)日：2024-06-18
申请号：CN202311836407.3
申请日：2023-12-28
Applicant: 北京科技大学 , 北京科技大学顺德创新学院
IPC: G16B30/00 , G16B40/00 , G06N3/042 , G06N3/0499 , G06N3/08
Abstract: 本发明公开了一种DNA序列增强子‑启动子交互作用识别方法及装置，属于医学工程技术领域。所述方法包括：获取细胞系对应的增强子‑启动子交互作用数据集；将数据集中的DNA序列对输入到预先训练好的自然语言模型中，获得每个DNA序列的词嵌入编码；利用获取的词嵌入编码构建图结构数据；利用图结构数据对图神经网络模型进行训练，获得训练好的图神经网络模型；获取待预测DNA序列对并输入到预先训练好的自然语言模型中，获得每个待预测DNA序列的词嵌入编码；根据预测的词嵌入编码构建图结构数据；将待预测图结构数据输入训练好的图神经网络模型中，获得DNA序列对中增强子‑启动子交互作用识别结果。采用本发明，可以提高增强子‑启动子交互作用识别准确率。
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公开(公告)号：CN114864006A
公开(公告)日：2022-08-05
申请号：CN202210482784.0
申请日：2022-05-05
Applicant: 北京科技大学 , 北京科技大学顺德研究生院
Abstract: 本发明公开了一种Hi‑C数据拓扑相关结构域划分方法及装置，该方法包括：获取Hi‑C基因组测序原始观察数据和用于将原始观察矩阵进行归一化的向量，对原始观察数据预处理，得到归一化的Hi‑C接触矩阵；基于Hi‑C数据接触频率和空间距离之间的关系，将Hi‑C接触矩阵转换为基因组各个位点之间的距离矩阵；通过最短路径算法计算基因组位点间的最短距离，对于每个位点保留距离最小的部分数值得到基因组的空间距离图谱；通过聚类算法对基因组的空间距离图谱中的位点进行聚类，得到Hi‑C数据的TAD划分。本发明通过Hi‑C数据归一化、转换并计算最短路径和基因组位点聚类，实现对染色质TAD的划分。
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公开(公告)号：CN116052764A
公开(公告)日：2023-05-02
申请号：CN202211633867.1
申请日：2022-12-19
Applicant: 北京科技大学 , 北京科技大学顺德创新学院
IPC: G16B20/00 , G16B40/30 , G06F18/23213
Abstract: 本发明提供了一种基于超图的染色质域识别方法及系统，该方法包括：获取表观基因组数据；并对数据进行预处理，按照一定碱基对数量对染色质进行片段切割，将每个片段看作基因组一个节点，获取Hi‑C交互作用矩阵；计算各基因组节点由空间交互作用数据和表观基因组数据共同表示的特征向量；对Hi‑C数据矩阵生成初始TADs划分，使用聚类算法根据节点特征对节点进行聚类，调整簇内节点，得到优化后的TADs结构划分。将优化后的TADs划分表示为超图，TADs节点集合作为超边，通过对超图划分识别。将划分后的染色质区域映射到细胞核中探索其生物学意义。本发明适用于生物信息计算领域中染色质域的识别与功能相关研究。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN117766027A
公开(公告)日：2024-03-26
申请号：CN202311836407.3
申请日：2023-12-28
Applicant: 北京科技大学 , 北京科技大学顺德创新学院
IPC: G16B30/00 , G16B40/00 , G06N3/042 , G06N3/0499 , G06N3/08
Abstract: 本发明公开了一种DNA序列增强子‑启动子交互作用识别方法及装置，属于医学工程技术领域。所述方法包括：获取细胞系对应的增强子‑启动子交互作用数据集；将数据集中的DNA序列对输入到预先训练好的自然语言模型中，获得每个DNA序列的词嵌入编码；利用获取的词嵌入编码构建图结构数据；利用图结构数据对图神经网络模型进行训练，获得训练好的图神经网络模型；获取待预测DNA序列对并输入到预先训练好的自然语言模型中，获得每个待预测DNA序列的词嵌入编码；根据预测的词嵌入编码构建图结构数据；将待预测图结构数据输入训练好的图神经网络模型中，获得DNA序列对中增强子‑启动子交互作用识别结果。采用本发明，可以提高增强子‑启动子交互作用识别准确率。
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公开(公告)号：CN118553320A
公开(公告)日：2024-08-27
申请号：CN202410617464.0
申请日：2024-05-17
Applicant: 北京科技大学
IPC: G16C20/10 , G16C60/00 , G06F18/214
Abstract: 本申请提供了一种缓蚀剂的确认方法和装置，其中，在本申请中，先利用有限数量的缓蚀数据扩展成满足训练数量要求的缓蚀样本数据后，采用反向梯度传播算法使用缓蚀样本数据对生成器进行训练，在训练好生成器后，可以使用设定好的目标数据得到缓蚀剂，通过上述方法，在使用设定好的目标数据选择缓蚀剂时有利于提高缓蚀剂的选择效率。
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公开(公告)号：CN117972735A
公开(公告)日：2024-05-03
申请号：CN202311664005.X
申请日：2023-12-06
Applicant: 北京科技大学
Abstract: 本发明提供一种材料数据安全防护方法与系统，涉及数据安全管理技术领域。所述方法基于区块链和机密计算技术，包括：数据处理参与者在区块链上通过身份注册智能合约注册身份；数据处理参与者包括数据拥有者和数据使用者；机密计算平台启动，并进行远程证明验证；数据拥有者通过区块链的身份验证，访问机密计算平台；数据拥有者与机密计算平台形成第一加密信道，并上传材料数据至区块链；数据使用者通过区块链的身份验证，访问机密计算平台，与机密计算平台形成第二加密信道，并从区块链获取材料数据；机密计算平台验证材料数据来源合法性；机密计算平台进行材料数据处理并将结果返回给数据使用者。本发明能够提高材料数据全生命周期安全性。
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公开(公告)号：CN119203095B
公开(公告)日：2025-02-25
申请号：CN202411699380.2
申请日：2024-11-26
Applicant: 北京科技大学
Abstract: 本申请提供一种基于可信执行环境的登录认证方法、系统及介质，属于信息安全技术领域。包括：用户端利用用户名向客户端应用发送登录认证请求；客户端应用将登录认证请求转发至安全监控器；安全监控器切换可信执行环境；认证策略控制器根据用户名从安全存储后端读取相应的用户身份认证信息和认证策略；安全监控器将目标多因子登录认证组合方式发送到客户端应用；用户端根据目标多因子登录认证组合方式输入多因子身份认证信息；客户端应用将多因子身份认证信息发送安全监控器；安全监控器切换到可信执行环境中；认证策略验证器根据多因子身份认证信息判断登录认证是否成功。这样，在可信执行环境下进行多因子身份认证，提高BMC身份认证安全性。
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公开(公告)号：CN118553320B
公开(公告)日：2025-01-17
申请号：CN202410617464.0
申请日：2024-05-17
Applicant: 北京科技大学
IPC: G16C20/10 , G16C60/00 , G06F18/214
Abstract: 本申请提供了一种缓蚀剂的确认方法和装置，其中，在本申请中，先利用有限数量的缓蚀数据扩展成满足训练数量要求的缓蚀样本数据后，采用反向梯度传播算法使用缓蚀样本数据对生成器进行训练，在训练好生成器后，可以使用设定好的目标数据得到缓蚀剂，通过上述方法，在使用设定好的目标数据选择缓蚀剂时有利于提高缓蚀剂的选择效率。
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