公开(公告)号：CN108932400B

公开(公告)日：2021-07-23

申请号：CN201710374896.3

申请日：2017-05-24

Applicant: 北京工业大学

Inventor： 李春华 ,  马梦琳 ,  陆林 ,  刘洋

IPC: G16B15/00 ,  G16B20/30 ,  G16B45/00

Abstract: 一种考虑界面信息的有效的蛋白质‑RNA复合物结构预测方法，属于蛋白质‑RNA分子识别与相互作用研究领域。第一，以蛋白质中的每个氨基酸残基为中心，将与之有接触的残基划分为一个模块，剔除内部模块，保留表面模块。第二，对表面模块定义PPQA：模块的界面偏好性P、内部接触面积Q和溶剂可及表面积A三者乘积；根据PPQA由高到低排序，排在前两位的为可能的结合模块。第三，将结合模块信息整合到BESDock分子对接中，约束对接采样的范围。第四，用组合打分函数RPveScore评估对接采样的结合模式，分值由低到高排序，筛选出近天然结构。该方法提高采样效率，提高近天然结构的排名，给出复合物结构良好的预测。

公开(公告)号：CN108932400A

公开(公告)日：2018-12-04

申请号：CN201710374896.3

申请日：2017-05-24

Applicant: 北京工业大学

Inventor： 李春华 ,  马梦琳 ,  陆林 ,  刘洋

IPC: G06F19/16 ,  G06F19/26

Abstract: 一种考虑界面信息的有效的蛋白质-RNA复合物结构预测方法，属于蛋白质-RNA分子识别与相互作用研究领域。第一，以蛋白质中的每个氨基酸残基为中心，将与之有接触的残基划分为一个模块，剔除内部模块，保留表面模块。第二，对表面模块定义PPQA：模块的界面偏好性P、内部接触面积Q和溶剂可及表面积A三者乘积；根据PPQA由高到低排序，排在前两位的为可能的结合模块。第三，将结合模块信息整合到BESDock分子对接中，约束对接采样的范围。第四，用组合打分函数RPveScore评估对接采样的结合模式，分值由低到高排序，筛选出近天然结构。该方法提高采样效率，提高近天然结构的排名，给出复合物结构良好的预测。