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公开(公告)号：CN112365930B
公开(公告)日：2022-06-10
申请号：CN202011117987.7
申请日：2020-10-19
Applicant: 北京大学
Abstract: 一种为基因数据库确定最佳序列比对阈值的方法，包括：1)获取蛋白质序列；2)从蛋白质序列中移除被包括在基因数据库中的序列，创建假基因数据集；3)将基因数据库中的蛋白质序列划分子类，作为真基因数据集；4)合并假基因数据集与真基因数据集，针对任意一条蛋白质序列，模拟高通量测序所产生的特定长度的DNA序列，得到模拟数据集；5)进行序列比对，对比对阈值进行取值；6)判定序列比对结果，计算真阳性、错配、假阳性、假阴性、真阴性的数量；7)计算灵敏度、准确度和马修斯相关系数；8)以相似度为X轴，E值为Y轴，灵敏度、准确度或马修斯相关系数为Z轴，绘制三维曲面图；9)在三维曲面图确定基因数据库的最佳序列比对阈值。
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公开(公告)号：CN112365930A
公开(公告)日：2021-02-12
申请号：CN202011117987.7
申请日：2020-10-19
Applicant: 北京大学
Abstract: 一种为基因数据库确定最佳序列比对阈值的方法，包括：1)获取蛋白质序列；2)从蛋白质序列中移除被包括在基因数据库中的序列，创建假基因数据集；3)将基因数据库中的蛋白质序列划分子类，作为真基因数据集；4)合并假基因数据集与真基因数据集，针对任意一条蛋白质序列，模拟高通量测序所产生的特定长度的DNA序列，得到模拟数据集；5)进行序列比对，对比对阈值进行取值；6)判定序列比对结果，计算真阳性、错配、假阳性、假阴性、真阴性的数量；7)计算灵敏度、准确度和马修斯相关系数；8)以相似度为X轴，E值为Y轴，灵敏度、准确度或马修斯相关系数为Z轴，绘制三维曲面图；9)在三维曲面图确定基因数据库的最佳序列比对阈值。
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公开(公告)号：CN112365929A
公开(公告)日：2021-02-12
申请号：CN202011117979.2
申请日：2020-10-19
Applicant: 北京大学
Abstract: 一种基于宏基因组数据分析微生物群体感应效应的方法，包括：在第一数据库和第二数据库中获取序列；将序列合并得到合并数据集；对合并数据集分类得到结构化数据集；对结构化数据集进行聚类分析，去除冗余序列；检查数据集中序列的注释，去除非群体感应基因序列；基于序列比对及系统发育学分析方法对数据集进行自校验，去除非群体感应基因序列；确定群体感应基因的保守性结构域或基元序列；检查保守性结构域或基元序列，去除不含保守性结构域或基元序列的序列；整合所有序列，构建群体感应基因数据库；将宏基因组数据在群体感应基因数据库中比对，获取群体感应基因并计算丰度；对群体感应基因进行宿主溯源分析，以确定其在分类学水平上的宿主。
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