与蒙古羊多脊椎性状相关联的基因簇及其育种应用

    公开(公告)号:CN116072228A

    公开(公告)日:2023-05-05

    申请号:CN202211666377.1

    申请日:2022-12-23

    Abstract: 本发明公开了与蒙古羊多脊椎性状相关联的基因簇及其育种应用,属于动物育种应用技术领域,本方案可以实现在采集蒙古羊的血液DNA样品后,利用其血液DNA样品进行GWAS探究与基因组选择信号分析,得到蒙古羊第7号染色体区域chr7:89mb‑chr7:90.5mb受到选择,并在89Mb‑90.5Mb范围内选择到与多脊椎性状相关的基因簇,包括ABCD4、VRTN、SYNDIG1L、LTBP2、PROX2等基因进行多脊椎羊的选择,可以加速多脊椎羊的选择育种工作,此过程为活体检测,无需宰杀羊即可对多脊椎蒙古羊进行选育,对大群体蒙古羊检测是否为多脊椎羊更为快速简便,利用此方法进行蒙古羊的遗传育种改良后,可培育出大批量多脊椎蒙古羊羔,进而提高羊群后代的平均体长,达到提高蒙古羊的经济效益的目的。

    一种基于图神经网络的乳酸菌抗菌肽预测方法

    公开(公告)号:CN113571133B

    公开(公告)日:2022-06-17

    申请号:CN202111074774.5

    申请日:2021-09-14

    Abstract: 本发明公开了一种基于图神经网络的乳酸菌抗菌肽预测方法,通过搜索已知乳酸菌抗菌肽建立正样本,通过从蛋白质数据库中收集长度5‑255的序列建立负样本,去冗余序列与相似;依据正负样本进行特征提取得到特征向量及初始输入图,在此基础上建立图神经网络模型;通过对图神经网络模型进行训练、评估与循环优化,确定图神经网络最佳层数、最佳训练轮数和学习率等参数;最后,依据图神经网络模型对疑似具有抗菌活性的菌株数据进行预测。本发明采用上述乳酸菌抗菌肽预测方法,以计算机模型预测代替实验室湿实验筛选,缩短乳酸菌抗菌肽类蛋白质序列的判断时长,实现准确高效批量识别,为具有抗菌特性的乳酸菌菌株筛选提供了有效替代方法。

    一种基于图神经网络的乳酸菌抗菌肽预测方法

    公开(公告)号:CN113571133A

    公开(公告)日:2021-10-29

    申请号:CN202111074774.5

    申请日:2021-09-14

    Abstract: 本发明公开了一种基于图神经网络的乳酸菌抗菌肽预测方法,通过搜索已知乳酸菌抗菌肽建立正样本,通过从蛋白质数据库中收集长度5‑255的序列建立负样本,去冗余序列与相似;依据正负样本进行特征提取得到特征向量及初始输入图,在此基础上建立图神经网络模型;通过对图神经网络模型进行训练、评估与循环优化,确定图神经网络最佳层数、最佳训练轮数和学习率等参数;最后,依据图神经网络模型对疑似具有抗菌活性的菌株数据进行预测。本发明采用上述乳酸菌抗菌肽预测方法,以计算机模型预测代替实验室湿实验筛选,缩短乳酸菌抗菌肽类蛋白质序列的判断时长,实现准确高效批量识别,为具有抗菌特性的乳酸菌菌株筛选提供了有效替代方法。

Patent Agency Ranking