公开(公告)号：CN109785905B

公开(公告)日：2021-07-23

申请号：CN201811546046.8

申请日：2018-12-18

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 臧大伟 ,  王元戎 ,  沈华 ,  谭光明 ,  刘伯然 ,  孙凝晖

IPC: G16B30/00

Abstract: 本发明提供了一种面向基因比对算法的加速装置。该加速装置包括主机端和多个加速模块，所述加速模块包括多个存储层、垂直切片管理单元和交换网络，其中：所述主机端用于控制向所述加速模块分发基因测序序列和接收基因比对结果；所述加速模块的存储层用于存储基因参考序列；所述加速模块的垂直切片管理单元用于管理将所述多个存储层进行垂直划分所形成的切片以及执行基因比对算法，获得基因比对结果；所述加速模块的交换网络用于控制该加速模块内部的数据交换以及该加速模块与外部的数据交换。本发明的加速装置利用定制结构能够提高基因比对算法的处理速度。

公开(公告)号：CN111798923B

公开(公告)日：2023-01-31

申请号：CN202010442871.4

申请日：2020-05-22

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 谭光明 ,  张中海 ,  王元戎 ,  张春明

IPC: G16B20/30

Abstract: 本发明涉及一种用于基因比对的细粒度负载特征分析方法，其特征在于，包括：步骤1，获取基因序列的基本数据；步骤2，对所述基本数据进行剪切，以获取短序列数据；步骤3，对所述短序列数据分别进行计算特征分析和访存特征分析，以获取所述短序列数据的细粒度负载特征。

公开(公告)号：CN109785905A

公开(公告)日：2019-05-21

申请号：CN201811546046.8

申请日：2018-12-18

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 臧大伟 ,  王元戎 ,  沈华 ,  谭光明 ,  刘伯然 ,  孙凝晖

IPC: G16B30/00

Abstract: 本发明提供了一种面向基因比对算法的加速装置。该加速装置包括主机端和多个加速模块，所述加速模块包括多个存储层、垂直切片管理单元和交换网络，其中：所述主机端用于控制向所述加速模块分发基因测序序列和接收基因比对结果；所述加速模块的存储层用于存储基因参考序列；所述加速模块的垂直切片管理单元用于管理将所述多个存储层进行垂直划分所形成的切片以及执行基因比对算法，获得基因比对结果；所述加速模块的交换网络用于控制该加速模块内部的数据交换以及该加速模块与外部的数据交换。本发明的加速装置利用定制结构能够提高基因比对算法的处理速度。

公开(公告)号：CN111798923A

公开(公告)日：2020-10-20

申请号：CN202010442871.4

申请日：2020-05-22

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 谭光明 ,  张中海 ,  王元戎 ,  张春明

IPC: G16B20/30

Abstract: 本发明涉及一种用于基因比对的细粒度负载特征分析方法，其特征在于，包括：步骤1，获取基因序列的基本数据；步骤2，对所述基本数据进行剪切，以获取短序列数据；步骤3，对所述短序列数据分别进行计算特征分析和访存特征分析，以获取所述短序列数据的细粒度负载特征。