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公开(公告)号：CN113130005A
公开(公告)日：2021-07-16
申请号：CN202110390717.1
申请日：2021-04-12
Applicant: 中国科学院东北地理与农业生态研究所
IPC: G16B20/30 , G16B20/50 , G16B20/20 , C12Q1/6895
Abstract: 本发明属于生物信息学及生物技术领域，具体涉及一种基于M2群体的候选因果突变位点基因定位的方法。本发明提供的方法通过仅研究M2代来加快候选因果突变位点的定位，在M2‑seq中，在不知道突变植株的野生型变异信息的情况下，通过M2群体之间的相互比较，背景变异可以被有效地去除。此外，使用ΔSNP index的绝对值可以有效去除相邻突变等位基因的排斥连锁引起的信号干扰，从而有助于鉴定靶基因中的因果突变。
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公开(公告)号：CN112852989A
公开(公告)日：2021-05-28
申请号：CN202011632683.4
申请日：2020-12-31
Applicant: 中国科学院东北地理与农业生态研究所
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11 , A01H1/04
Abstract: 本发明涉及一种与大豆农艺性状相关的SNP位点组合、液相基因芯片及应用,与大豆农艺性状相关的SNP位点组合，包括223个SNP位点，每个SNP位点包含两个不同碱基变异位点，用于检测该位点的等位基因变化，所述223个SNP位点的物理位置是基于大豆品种Williams82的全基因组序列比对确定的，所述大豆品种Williams82的全基因组序列的版本号为Glycine max Wm82.a2.v1。本发明所采用的223个SNP位点与大豆的重要农艺性状相关，可通过测定大豆植株DNA中这223个SNP位点的基因型来评估大豆植株的农艺性状，将其应用于大豆的分子辅助育种或全基因组育种时，加快了育种进程。
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公开(公告)号：CN112575116A
公开(公告)日：2021-03-30
申请号：CN202011633836.7
申请日：2020-12-31
Applicant: 中国科学院东北地理与农业生态研究所
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11 , A01H1/04
Abstract: 本发明涉及一种大豆全基因组SNP位点组合、基因芯片及应用，所述大豆全基因组SNP位点组合，包括20648个SNP位点，所述20648个SNP位点如S00001‑20648所示。本发明基因芯片对功能基因有极高的覆盖度，SNP标记位点覆盖了大豆17096个功能基因，约占大豆总基因数的31％，且SNP标记位点位于基因编码区域。在20648个SNP标记位点中，其中17588个SNP标记位点位于基因上，此类SNP标记位点占SNP标记位点总数的85％；从而使得，其在分子辅助育种或全基因组选择育种应用时，可加速育种进程。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN112852989B
公开(公告)日：2023-08-18
申请号：CN202011632683.4
申请日：2020-12-31
Applicant: 中国科学院东北地理与农业生态研究所
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11 , A01H1/04
Abstract: 本发明涉及一种与大豆农艺性状相关的SNP位点组合、液相基因芯片及应用,与大豆农艺性状相关的SNP位点组合，包括223个SNP位点，每个SNP位点包含两个不同碱基变异位点，用于检测该位点的等位基因变化，所述223个SNP位点的物理位置是基于大豆品种Williams82的全基因组序列比对确定的，所述大豆品种Williams82的全基因组序列的版本号为Glycine max Wm82.a2.v1。本发明所采用的223个SNP位点与大豆的重要农艺性状相关，可通过测定大豆植株DNA中这223个SNP位点的基因型来评估大豆植株的农艺性状，将其应用于大豆的分子辅助育种或全基因组育种时，加快了育种进程。
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公开(公告)号：CN112746121A
公开(公告)日：2021-05-04
申请号：CN202011632698.0
申请日：2020-12-31
Applicant: 中国科学院东北地理与农业生态研究所
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11
Abstract: 本发明涉及一种与大豆农艺性状相关的SNP位点组合、基因芯片及应用,与大豆农艺性状相关的SNP位点组合，包括2193个SNP位点，每个SNP位点包含两个不同碱基变异位点，用于检测该位点的等位基因变化，所述2193个SNP位点的物理位置是基于大豆品种Williams82的全基因组序列比对确定的，所述大豆品种Williams82的全基因组序列的版本号为Glycine max Wm82.a2.v1，所述2193个SNP位点的变异信息如SS0001‑2193所示。本发明所采用的2193个SNP位点与大豆的重要农艺性状相关，可通过测定大豆植株DNA中这2193个SNP位点的基因型来评估大豆植株的农艺性状，将其应用于大豆的分子辅助育种或全基因组育种时，加快了育种进程。
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公开(公告)号：CN112746121B
公开(公告)日：2023-08-18
申请号：CN202011632698.0
申请日：2020-12-31
Applicant: 中国科学院东北地理与农业生态研究所
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11
Abstract: 本发明涉及一种与大豆农艺性状相关的SNP位点组合、基因芯片及应用,与大豆农艺性状相关的SNP位点组合，包括2193个SNP位点，每个SNP位点包含两个不同碱基变异位点，用于检测该位点的等位基因变化，所述2193个SNP位点的物理位置是基于大豆品种Williams82的全基因组序列比对确定的，所述大豆品种Williams82的全基因组序列的版本号为Glycine max Wm82.a2.v1，所述2193个SNP位点的变异信息如SS0001‑2193所示。本发明所采用的2193个SNP位点与大豆的重要农艺性状相关，可通过测定大豆植株DNA中这2193个SNP位点的基因型来评估大豆植株的农艺性状，将其应用于大豆的分子辅助育种或全基因组育种时，加快了育种进程。
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公开(公告)号：CN112575116B
公开(公告)日：2023-05-12
申请号：CN202011633836.7
申请日：2020-12-31
Applicant: 中国科学院东北地理与农业生态研究所
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11 , A01H1/04
Abstract: 本发明涉及一种大豆全基因组SNP位点组合、基因芯片及应用，所述大豆全基因组SNP位点组合，包括20648个SNP位点，所述20648个SNP位点如S00001‑20648所示。本发明基因芯片对功能基因有极高的覆盖度，SNP标记位点覆盖了大豆17096个功能基因，约占大豆总基因数的31％，且SNP标记位点位于基因编码区域。在20648个SNP标记位点中，其中17588个SNP标记位点位于基因上，此类SNP标记位点占SNP标记位点总数的85％；从而使得，其在分子辅助育种或全基因组选择育种应用时，可加速育种进程。
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公开(公告)号：CN113130005B
公开(公告)日：2022-11-22
申请号：CN202110390717.1
申请日：2021-04-12
Applicant: 中国科学院东北地理与农业生态研究所
IPC: G16B20/30 , G16B20/50 , G16B20/20 , C12Q1/6895
Abstract: 本发明属于生物信息学及生物技术领域，具体涉及一种基于M2群体的候选因果突变位点基因定位的方法。本发明提供的方法通过仅研究M2代来加快候选因果突变位点的定位，在M2‑seq中，在不知道突变植株的野生型变异信息的情况下，通过M2群体之间的相互比较，背景变异可以被有效地去除。此外，使用ΔSNP index的绝对值可以有效去除相邻突变等位基因的排斥连锁引起的信号干扰，从而有助于鉴定靶基因中的因果突变。
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