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公开(公告)号：CN119360956A
公开(公告)日：2025-01-24
申请号：CN202411437824.5
申请日：2024-10-15
Applicant: 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
IPC: G16B20/40 , G16B40/00 , G16B25/10 , G06N3/0464 , G06N3/084
Abstract: 本发明涉及基因组选择技术领域，具体公开了一种基于深度学习reaGP的基因组选择方法，包括：构建基因组参考群体，测定群体的经济性状；测定的经济性状包括育肥性状的三种经济性状，对所选群体的经济性状的表型进行校正，对基因组数据进行质量控制；将基因组数据与频率进行编码结合，形成用于输入到卷积神经网络的3D数据结构；构建具有残差单元和注意力机制的卷积神经网络，以稳定梯度并增强特征提取能力；使用上述卷积神经网络对群体的基因组育种值进行选择，通过构建深度学习模型，相对于线性模型、已有的机器学习模型和深度学习模型而言，在三个性状中总体提升了0.5％～18％；提高复杂性状预测准确性。
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公开(公告)号：CN116555445A
公开(公告)日：2023-08-08
申请号：CN202310653710.3
申请日：2023-06-02
Applicant: 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/6837 , C12N15/11 , C40B40/06
Abstract: 本发明公开了华西牛亲缘关系鉴定的SNP分子标记组合和应用及鉴定方法，属于基因分型技术领域。本发明提供了一种用于华西牛亲缘关系鉴定的SNP分子标记组合，利用1,000个位点中的至少70个即可完成华西牛亲缘关系的鉴定。本发明提供的1,000个位点分布于29条常染色体上的SNP标记，同一染色体上相邻SNP标记的平均距离为2M。该标记组合的MAF、HExp、PIC的平均值分别为0.4846、0.4983、0.3741；当母本基因型未知时，累计排除概率为0.9999999999999。本发明的SNP标记组合可用于华西牛完整、准确的系谱鉴定，提高华西牛育种准确性。
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公开(公告)号：CN111243667A
公开(公告)日：2020-06-05
申请号：CN202010192316.0
申请日：2020-03-18
Applicant: 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
Abstract: 本发明公开了华西牛基因组选择方法，要解决的是现有肉牛育种群制种供种能力不足的问题。本发明的具体步骤如下：步骤一，构建参考群体并且测定经济性状；步骤二，对参考群体进行基因分型并且对数据进行处理和质量控制；步骤三，进行基因型数据填充，得到测序数据，然后进行QTL位点的筛选；步骤四，计算参考群体中各个性状的全部SNP标记的效应值；步骤五，得到候选群体基因组育种值，依据每个性状的基因组估计育种值计算个体的综合选择指数。本发明的目的是建立基于基因组选择技术的高效优质华西牛选育方法，全面提高我国肉牛种群选择效率，大幅节约育种成本，为优质华西牛的培育提供分子育种方法，推动肉牛种业的快速发展。
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公开(公告)号：CN110760592A
公开(公告)日：2020-02-07
申请号：CN201910930931.4
申请日：2019-09-29
Applicant: 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11
Abstract: 本发明提供了肉用西门塔尔牛6号染色体上与骨重相关的SNP位点及应用，所述SNP标记的位点为国际牛参考基因组UMD3.1版本6号染色体上第38576012个核苷酸位点，该位点的碱基是G或A。本发明通过优选该SNP的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，提高肉用西门塔尔牛的骨重，加快牛遗传改良进展从而有效提高肉牛育种的经济效益。
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公开(公告)号：CN110468212A
公开(公告)日：2019-11-19
申请号：CN201910564709.7
申请日：2019-06-27
Applicant: 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11
Abstract: 本发明提供了肉用西门塔尔牛19号染色体上与脂肪酸C14：0含量相关的SNP位点及应用，所述SNP标记的位点为国际牛参考基因组UMD3.1版本19号染色体上第51333374个核苷酸位点，该位点的碱基是T或A。本发明通过优选该SNP的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，提高肉用西门塔尔牛的脂肪酸C14：0含量，加快牛遗传改良进展从而有效提高肉牛育种的经济效益。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN118600047A
公开(公告)日：2024-09-06
申请号：CN202410889247.7
申请日：2024-07-03
Applicant: 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/6858 , C12Q1/6869 , C12N15/11
Abstract: 本发明涉及分子生物技术领域，公开了华西牛屠宰前体重相关SNP分子标记的鉴定方法，包括以下步骤：a.采集华西牛的DNA样本、肠道微生物样本及持续监测的生理数据；b.使用二代测序技术对DNA样本进行全基因组测序；c.应用限制性酶切分析对微生物样本进行鉴定，分析肠道微生物的组成；d.育肥过程中利用电生理技术和体温监测设备收集牛的行为和生理反应数据，同时收集屠宰数据；e.将全基因组测序数据与肠道微生物组成数据进行比对。通过整合基因组数据、微生物组数据和行为数据，提供了一个更为全面的视角来理解影响华西牛体重的因素，其通过多维数据的集成揭示了更复杂的生物学交互作用，以及这些交互如何影响牛的生长和体重。
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公开(公告)号：CN115261486A
公开(公告)日：2022-11-01
申请号：CN202210889433.1
申请日：2022-07-27
Applicant: 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11 , C40B40/06
Abstract: 本发明提供了一种华西牛全基因组选择育种芯片及其应用，涉及分子育种技术领域。本发明提供了一种用于华西牛全基因组分型的分子标记组合，基因分型对象涉及112177个SNP和3个Indel位点，共包括七类探针。本发明利用上述分子标记组合构建全基因组育种芯片，具有功能相关性、针对性和有效性、创新性、全面性、实用性和性价比等优点，全基因组染色体均匀分布，覆盖度高，位点通量适中，与现有商业化芯片兼容性好，性价比高。
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公开(公告)号：CN110438238B
公开(公告)日：2020-08-11
申请号：CN201910564708.2
申请日：2019-06-27
Applicant: 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11
Abstract: 本发明提供了肉用西门塔尔牛6号染色体上与前蹄重相关的SNP位点及应用，所述SNP标记的位点为国际牛参考基因组UMD3.1版本6号染色体上第38815034个核苷酸位点，该位点的碱基是A或G。本发明通过优选该SNP的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，提高肉用西门塔尔牛的前蹄重，加快牛遗传改良进展从而有效提高肉牛育种的经济效益。
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公开(公告)号：CN118792423B
公开(公告)日：2024-12-13
申请号：CN202411277952.8
申请日：2024-09-12
Applicant: 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/6858 , C12Q1/6869 , C12N15/11
Abstract: 本发明涉及生物学及遗传育种技术领域，具体涉及华西牛1号染色体上与无角性状相关的SNP分子标记及应用，所述SNP分子标记的位点为国际牛参考基因组ARS‑UCD1.2版本1号染色体上第3303269个核苷酸位点，该位点的碱基是A或G；本发明的有益效果是：通过优选该SNP的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，增加华西牛群体中无角性状的数量，加快牛遗传改良进展从而有效提高肉牛育种的经济效益。
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公开(公告)号：CN118879685A
公开(公告)日：2024-11-01
申请号：CN202410977000.0
申请日：2024-07-19
Applicant: 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
IPC: C12N15/10
Abstract: 本发明涉及生物实验技术领域，具体为一种牛瘤胃微生物结构多样性的DNA提取方法，包括以下步骤：样品采集与保存；样品前处理；超声波破碎；离心与上清液收集；DNA纯化；DNA质量评估；有益效果为：本发明提出的牛瘤胃微生物结构多样性的DNA提取方法，超声波破碎技术通过高频振动产生强大剪切力，能够迅速破碎牛瘤胃微生物的细胞壁，释放DNA，与传统方法相比，本方法能够显著提高DNA的提取效率。
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