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公开(公告)号：CN119049564B
公开(公告)日：2025-03-28
申请号：CN202411021040.4
申请日：2024-07-29
Applicant: 中国农业大学
Abstract: 本发明公开一种临床宠物源大肠杆菌抗菌药物耐药表型预测方法及系统，属于智能医学检验领域。对宠物源大肠杆菌样本进行抗菌药物的MIC测试和全基因组测序，分别得到MIC分类标签和泛基因组特征；筛选与MIC分类标签相关的泛基因组特征，得到最优特征组合；构建并优化前馈神经网络模型，得到抗菌药物优化预测模型；将最优特征组合输入抗菌药物优化预测模型，并输出抗菌药物的MIC预测结果；将MIC预测结果转化为SIR标签，确定抗菌药物的耐药表型。本发明从多个角度筛选出与耐药表型相关的泛基因组作为特征输入模型，并同时对MIC标签以及敏感、中介和耐药三分类的SIR标签进行预测，为宠物临床的细菌感染诊疗及后续研究提供助力。
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公开(公告)号：CN116949154B
公开(公告)日：2024-05-28
申请号：CN202311091690.1
申请日：2023-08-28
Applicant: 中国农业大学
IPC: C12Q1/6869 , C12Q1/6806 , C12Q1/70 , C12Q1/04
Abstract: 本发明涉及宏转录组测序和病原检测技术领域。本发明提供了一种非治疗目的的基于宏转录组的病原检测方法，包括如下步骤：使用RNA提取试剂盒对样本进行RNA提取，得到RNA样品；使用KAPAmRNA文库制备试剂盒构建RNA样品的宏转录组文库并测序；去除接头序列和宿主基因组序列，对病原微生物进行识别并计算丰度；对宏转录组进行组装，识别耐药基因丰度和耐药基因数据库，确定病原菌的种类。本发明应用宏转录组方法，将样本中所有RNA作为研究对象，通过对样本进行RNA的提取，可以对样本中微生物进行分析。不仅可以得到微生物种类和RNA病毒的信息，还可以评估微生物活性状态，很好地弥补了现有技术的不足。
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公开(公告)号：CN119049564A
公开(公告)日：2024-11-29
申请号：CN202411021040.4
申请日：2024-07-29
Applicant: 中国农业大学
Abstract: 本发明公开一种临床宠物源大肠杆菌抗菌药物耐药表型预测方法及系统，属于智能医学检验领域。对宠物源大肠杆菌样本进行抗菌药物的MIC测试和全基因组测序，分别得到MIC分类标签和泛基因组特征；筛选与MIC分类标签相关的泛基因组特征，得到最优特征组合；构建并优化前馈神经网络模型，得到抗菌药物优化预测模型；将最优特征组合输入抗菌药物优化预测模型，并输出抗菌药物的MIC预测结果；将MIC预测结果转化为SIR标签，确定抗菌药物的耐药表型。本发明从多个角度筛选出与耐药表型相关的泛基因组作为特征输入模型，并同时对MIC标签以及敏感、中介和耐药三分类的SIR标签进行预测，为宠物临床的细菌感染诊疗及后续研究提供助力。
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公开(公告)号：CN116949154A
公开(公告)日：2023-10-27
申请号：CN202311091690.1
申请日：2023-08-28
Applicant: 中国农业大学
IPC: C12Q1/6869 , C12Q1/6806 , C12Q1/70 , C12Q1/04
Abstract: 本发明涉及宏转录组测序和病原检测技术领域。本发明提供了一种非治疗目的的基于宏转录组的病原检测方法，包括如下步骤：使用RNA提取试剂盒对样本进行RNA提取，得到RNA样品；使用KAPAmRNA文库制备试剂盒构建RNA样品的宏转录组文库并测序；去除接头序列和宿主基因组序列，对病原微生物进行识别并计算丰度；对宏转录组进行组装，识别耐药基因丰度和耐药基因数据库，确定病原菌的种类。本发明应用宏转录组方法，将样本中所有RNA作为研究对象，通过对样本进行RNA的提取，可以对样本中微生物进行分析。不仅可以得到微生物种类和RNA病毒的信息，还可以评估微生物活性状态，很好地弥补了现有技术的不足。
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