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发明公开
一种LncRNA和环境因素关联关系的高效预测方法无效

公开(公告)号：CN110942803A

公开(公告)日：2020-03-31

申请号：CN201911151918.5

申请日：2019-11-22

Applicant: 中南林业科技大学

Inventor： 邝祝芳 , 汪茄琪 , 韩跟伟 , 马志豪

IPC: G16B15/00

Abstract: 本发明公开一种LncRNA和环境因素关联关系的高效预测方法，主要包括以下步骤：1、下载数据集，得到LncRNA和环境因素(EF)的列表，和二者关联关系的关联矩阵A；然后分别计算出LncRNA和EF的高斯相互作用属性核相似矩阵KL、KE。2、计算EF之间的化学结构相似性矩阵E。3、将KL进行逻辑斯蒂函数转换，得到相似矩阵SL；且利用E和KE构建EF的相似矩阵SE。4、融合A、SL和SE构建一个全局异构网络G；利用重启随机游走计算扩散特征，并使用奇异值分解降维。5、计算lncRNA-EF对的Hetesim得分。6、结合扩散特征和HeteSim得分得到特征数据集并用于训练梯度提升树分类器去预测LncRNA-EF的关联关系。7、使用10折交叉验证方法对提出的方法进行验证。应用本发明预测LncRNA和EF关联关系的精度高。

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