公开(公告)号：CN113539372A

公开(公告)日：2021-10-22

申请号：CN202110715473.X

申请日：2021-06-27

Applicant: 中南林业科技大学

Inventor： 邝祝芳 ,  段涛 ,  汪茄琪

IPC: G16B40/00 ,  G16H50/30 ,  G06K9/62

Abstract: 本发明公开一种LncRNA和疾病关联关系的高效预测方法，主要包括以下步骤：1、根据公共数据库lncRNADisease下载lncRNA和疾病相关联的数据集，得到lncRNA集合与疾病集合以及lncRNA‑疾病的关联矩阵A；2、计算疾病之间的语义相似性矩阵SS、lncRNA之间的功能相似矩阵FS，计算lncRNA和疾病的高斯相互作用属性核相似矩阵KL、KD；3、根据FS、KL构建lncRNA相似矩阵SL，根据SS、KD构建疾病相似矩阵SD；4、将lncRNA的关联矩阵A、lncRNA的相似矩阵SL、疾病的相似矩阵SD整合，构建全局异构网络的邻接矩阵U，采用MetaGraph2vec对每个节点进行特征学习，得到每个节点的特征表示，5、使用K‑Means选择负样本，得到所有的正负样本集合，6、根据上述步骤得到的特征数据用于训练GBDT+LR分类器并预测lncRNA与疾病之间的关联关系。

公开(公告)号：CN114550814B

公开(公告)日：2024-09-20

申请号：CN202210153772.3

申请日：2022-02-19

Applicant: 中南林业科技大学

Inventor： 邝祝芳 ,  段涛 ,  赵鹏

IPC: G16B15/30 ,  G16B30/10 ,  G16B40/20 ,  G16B50/30 ,  G06F18/22 ,  G06F18/2411 ,  G06F18/2433

Abstract: 本发明公开一种miRNA和药物耐药性关联的高效预测方法，主要包括以下步骤：1、下载数据集，得到miRNA、药物的列表，和关联矩阵A；计算miRNA和药物的高斯相互作用属性核相似矩阵GSM、GSD；2、计算miRNA之间的序列相似性矩阵SSM，计算药物之间的化学结构相似性ESD；3、利用GSM和SSM构建miRNA的相似矩阵SM；且利用GSD和ESD构建药物的相似矩阵SD；4、融合A、SM和SD构建一个全局异构网络G；利用倾斜重启随机游走计算扩散特征，并使用奇异值分解降维；5、计算miRNA‑药物对的Hetesim得分；6、结合扩散特征和HeteSim得分得到特征数据集，训练支持向量机分类器去预测miRNA‑药物的关联关系；7、使用10折交叉验证方法进行验证；应用本发明预测miRNA和药物耐药性关联关系的精度高。

公开(公告)号：CN114550814A

公开(公告)日：2022-05-27

申请号：CN202210153772.3

申请日：2022-02-19

Applicant: 中南林业科技大学

Inventor： 邝祝芳 ,  段涛 ,  赵鹏

IPC: G16B15/30 ,  G16B30/10 ,  G16B40/20 ,  G16B50/30 ,  G06K9/62

Abstract: 本发明公开一种miRNA和药物耐药性关联的高效预测方法，主要包括以下步骤：1、下载数据集，得到miRNA、药物的列表，和关联矩阵A；计算miRNA和药物的高斯相互作用属性核相似矩阵GSM、GSD；2、计算miRNA之间的序列相似性矩阵SSM，计算药物之间的化学结构相似性ESD；3、利用GSM和SSM构建miRNA的相似矩阵SM；且利用GSD和ESD构建药物的相似矩阵SD；4、融合A、SM和SD构建一个全局异构网络G；利用倾斜重启随机游走计算扩散特征，并使用奇异值分解降维；5、计算miRNA‑药物对的Hetesim得分；6、结合扩散特征和HeteSim得分得到特征数据集，训练支持向量机分类器去预测miRNA‑药物的关联关系；7、使用10折交叉验证方法进行验证；应用本发明预测miRNA和药物耐药性关联关系的精度高。