公开(公告)号：CN118016167B

公开(公告)日：2025-03-04

申请号：CN202410085639.8

申请日：2024-01-22

Applicant: 中南大学

Inventor： 郑瑞清 ,  李敏 ,  刘锦 ,  曾未星

IPC: G16B40/30 ,  G16B25/00 ,  G06F18/23 ,  G06F18/22 ,  G06F18/214

Abstract: 本发明公开了一种针对不平衡单细胞RNA‑seq数据的细胞聚类方法、设备和介质，方法包括：获取聚类细胞的RNA‑seq数据，生成基因表达矩阵并预处理；利用基因表达矩阵计算各细胞间的相似度，选出近似细胞作为对比学习的附加增强正例；搭建对比学习模型，并利用各细胞的正例、附加增强正例和负例训练对比学习模型，以获取细胞潜在表征；基于细胞的潜在表征对所有细胞聚类，生成细胞的伪标签；基于细胞的潜在表征计算细胞间的距离值进而选择锚点细胞；搭建知识蒸馏模型，利用锚点细胞的潜在表征和伪标签进行训练，最终使用其进行细胞聚类。本发明对来自不同测序平台、不同物种、不同组织以及不同规模的细胞数据集都有很好的聚类结果。

公开(公告)号：CN118016167A

公开(公告)日：2024-05-10

申请号：CN202410085639.8

申请日：2024-01-22

Applicant: 中南大学

Inventor： 郑瑞清 ,  李敏 ,  刘锦 ,  曾未星

IPC: G16B40/30 ,  G16B25/00 ,  G06F18/23 ,  G06F18/22 ,  G06F18/214

Abstract: 本发明公开了一种针对不平衡单细胞RNA‑seq数据的细胞聚类方法、设备和介质，方法包括：获取聚类细胞的RNA‑seq数据，生成基因表达矩阵并预处理；利用基因表达矩阵计算各细胞间的相似度，选出近似细胞作为对比学习的附加增强正例；搭建对比学习模型，并利用各细胞的正例、附加增强正例和负例训练对比学习模型，以获取细胞潜在表征；基于细胞的潜在表征对所有细胞聚类，生成细胞的伪标签；基于细胞的潜在表征计算细胞间的距离值进而选择锚点细胞；搭建知识蒸馏模型，利用锚点细胞的潜在表征和伪标签进行训练，最终使用其进行细胞聚类。本发明对来自不同测序平台、不同物种、不同组织以及不同规模的细胞数据集都有很好的聚类结果。