公开(公告)号：CN105046107A

公开(公告)日：2015-11-11

申请号：CN201510555372.5

申请日：2015-08-28

Applicant: 东北大学

Inventor： 吴刚 ,  王国仁 ,  林克青 ,  李梁 ,  刘洪伟

IPC: G06F19/18

Abstract: 本发明公开了一种限定性模体的发现方法，涉及生物信息领域，包括以下步骤：1)构建字典表，所构述字典表用于存储指定模式P的模式实例；2)在字典表中以字典顺序列出指定模式P的所有实例集合I＝{I1…IN}，其中，Ii为模体实例；3)对每个模体实例Ii与待检测的核苷酸序列进行比较验证，若第i个实例满足只出现在待检测的核苷酸正例序列集合中，而不出现在反例序列集合中，则该实例作为最终满足条件的模体输出。本发明以简单的方法解决了限定性模体发现问题，最后的实验证明，在合理的时间内，倒排索引算法总是可以找到所有满足条件的模体，从而保证了算法的有效性。

公开(公告)号：CN104298598A

公开(公告)日：2015-01-21

申请号：CN201410544602.3

申请日：2014-10-01

Applicant: 东北大学

Inventor： 吴刚 ,  王国仁 ,  刘洪伟 ,  王永选 ,  张舒 ,  李慧琴 ,  李梁 ,  林克青 ,  江泽源 ,  李洋 ,  刘嘉 ,  马云飞 ,  王显宇 ,  马海龙 ,  孔娜

IPC: G06F11/36

Abstract: 本发明公开了一种分布式环境下RDFS本体的调试方法，本发明首先运用字典编码技术对RDFS本体数据进行压缩处理，降低了数据的存储空间，同时加快了本体推理及调试的速度；之后实现了基于并行分布式计算框架Spark的RDFS本体推理算法，并将推理后的本体调试信息压缩后，存储在HBase分布式数据库中，为本体调试阶段的调试信息查询做准备；本发明实现了基于Spark框架的分布式增量存储更新算法；为了能在分布式环境下求取蕴含辩解，本发明对以往的方法进行了改进，并实现了两种蕴含辩解求取方法。

公开(公告)号：CN105046107B

公开(公告)日：2018-04-20

申请号：CN201510555372.5

申请日：2015-08-28

Applicant: 东北大学

Inventor： 吴刚 ,  王国仁 ,  林克青 ,  李梁 ,  刘洪伟

IPC: G06F19/18

Abstract: 本发明公开了一种限定性模体的发现方法，涉及生物信息领域，包括以下步骤：1)构建字典表，所构述字典表用于存储指定模式P的模式实例；2)在字典表中以字典顺序列出指定模式P的所有实例集合I＝{I1…IN}，其中，Ii为模体实例；3)对每个模体实例Ii与待检测的核苷酸序列进行比较验证，若第i个实例满足只出现在待检测的核苷酸正例序列集合中，而不出现在反例序列集合中，则该实例作为最终满足条件的模体输出。本发明以简单的方法解决了限定性模体发现问题，最后的实验证明，在合理的时间内，倒排索引算法总是可以找到所有满足条件的模体，从而保证了算法的有效性。

公开(公告)号：CN104298598B

公开(公告)日：2017-07-11

申请号：CN201410544602.3

申请日：2014-10-01

Applicant: 东北大学

Inventor： 吴刚 ,  王国仁 ,  刘洪伟 ,  王永选 ,  张舒 ,  李慧琴 ,  李梁 ,  林克青 ,  江泽源 ,  李洋 ,  刘嘉 ,  马云飞 ,  王显宇 ,  马海龙 ,  孔娜

IPC: G06F11/36

Abstract: 本发明公开了一种分布式环境下RDFS本体的调试方法，本发明首先运用字典编码技术对RDFS本体数据进行压缩处理，降低了数据的存储空间，同时加快了本体推理及调试的速度；之后实现了基于并行分布式计算框架Spark的RDFS本体推理算法，并将推理后的本体调试信息压缩后，存储在HBase分布式数据库中，为本体调试阶段的调试信息查询做准备；本发明实现了基于Spark框架的分布式增量存储更新算法；为了能在分布式环境下求取蕴含辩解，本发明对以往的方法进行了改进，并实现了两种蕴含辩解求取方法。