公开(公告)号：CN102629305B

公开(公告)日：2015-02-25

申请号：CN201210055566.5

申请日：2012-03-06

Applicant: 上海大学

Inventor： 吴悦 ,  吴红霞 ,  雷州 ,  刘宗田 ,  张文宾

IPC: G06F19/22

Abstract: 本发明公开了一种面向SNP数据的特征选择方法。其具体步骤如下：首先进行数据预处理；然后用重新设计的Relief算法剔除无关SNP特征；然后用改进的SVM-RFE算法对SNP特征进行关键性程度排序；最后使用十字交叉验证来筛选关键SNPs。该发明结合了Filter式特征选择和Wrapper式特征选择的优势，并在机器学习过程中使用二次划分方法，解决了SNP数据特征选择中的高维小样本及SNP致病组合模式的问题，提高了分析效率和准确率。

公开(公告)号：CN102629305A

公开(公告)日：2012-08-08

申请号：CN201210055566.5

申请日：2012-03-06

Applicant: 上海大学

Inventor： 吴悦 ,  吴红霞 ,  雷州 ,  刘宗田 ,  张文宾

IPC: G06F19/22

Abstract: 本发明公开了一种面向SNP数据的特征选择方法。其具体步骤如下：首先进行数据预处理；然后用重新设计的Relief算法剔除无关SNP特征；然后用改进的SVM-RFE算法对SNP特征进行关键性程度排序；最后使用十字交叉验证来筛选关键SNPs。该发明结合了Filter式特征选择和Wrapper式特征选择的优势，并在机器学习过程中使用二次划分方法，解决了SNP数据特征选择中的高维小样本及SNP致病组合模式的问题，提高了分析效率和准确率。

公开(公告)号：CN102567652A

公开(公告)日：2012-07-11

申请号：CN201110413777.7

申请日：2011-12-13

Applicant: 上海大学

Inventor： 吴悦 ,  张文宾 ,  雷州 ,  刘宗田 ,  吴红霞

IPC: G06F19/10

Abstract: 本发明一种面向SNP数据的筛选方法。本方法操作步骤如下：首先利用单个SNP的作用和SNP之间的相互作用计算SNP分类权重；其次利用支持向量机筛选单核苷酸多态性位点。本发明一种面向SNP数据的筛选方法，不仅考虑了单个SNP的作用，还充分考察了SNP之间的相互作用，提高了与疾病相关SNP筛选的可靠性。