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公开(公告)号：CN120072033A
公开(公告)日：2025-05-30
申请号：CN202510122596.0
申请日：2025-01-26
Applicant: 上海交通大学医学院附属瑞金医院
Abstract: 本发明提供了基于多模态组学数据的实体肿瘤治疗靶点预测方法及系统。实体肿瘤治疗靶点预测方法包括：输入实体肿瘤的多模态组学数据，并计算亲和力分数，构建基因‑预测因子矩阵；对所有输入的基因进行优先级排序，并对排序优先的基因使用KEGG通路集合进行功能富集分析；构建与实体肿瘤进展相关的通路交汇网络，采用重启随机游走算法在通路交汇网络中识别富集了高分数节点的子网络；基于药物研发数据库信息，对已识别的富集了高分数节点的子网络进行药物重利用分析和扰动去除分析。本发明实现多模态组学数据整合分析识别实体肿瘤治疗靶标及药物重利用组合的方法，旨在确定治疗候选药物，包括治疗靶点和重利用药物。
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公开(公告)号：CN119993255A
公开(公告)日：2025-05-13
申请号：CN202411875629.0
申请日：2024-12-19
Applicant: 上海交通大学医学院附属瑞金医院
Abstract: 本发明涉及生物信息学数据知识解读技术领域，具体为一种基于组学遗传证据的治疗靶标预测引擎系统，包括：生物医学本体化和网络证据相关知识库；靶标预测主引擎：提供基于基因组汇总数据进行治疗靶标的预测功能；靶标检索主引擎：提供基于基因组或基因组汇总数据的治疗靶标在线查询功能；人机交互模块：接收用户输入的数据，按照所选择的目标子引擎以及相关参数，给目标子引擎下达指定命令，并反馈从目标子引擎处接收在线预测或数据检索的结果。本发明预测引擎能够进行从头的遗传靶标预测与检索功能，并获取有关靶标的量化推荐结果和通路交汇网络的药物再利用分析结果，为研究人员提供一种全面且简便的方法来进行基于组学遗传证据的治疗靶标预测。
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公开(公告)号：CN119252353A
公开(公告)日：2025-01-03
申请号：CN202411142070.0
申请日：2024-08-20
Applicant: 上海交通大学医学院附属瑞金医院
Abstract: 本发明涉及一种蛋白结构域的本体化知识语义注解方法及在线分析引擎系统，通过整合不同定义的蛋白结构域数据类型，为用户提供经蛋白结构域语义注解图谱，所提出的语义注解方法使用蛋白结构域信息和蛋白本体注解构建结构域/超结构域与本体术语之间的映射矩阵；基于映射矩阵分别进行总体和相对统计推断，保留最相关的本体术语；遵循真实路径规则获得以结构域为中心的本体注解，对于每个结构域/超结构域，依据所得的总体和相对统计推断结果筛选术语间的关联关系，构成本体注解配置文件。与现有技术相比，本发明支持用户对相应的蛋白结构域进行语义注解，同时支持本体化知识的富集分析，为蛋白结构域语义注解领域的探索提供了有力的支持。
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公开(公告)号：CN118969061A
公开(公告)日：2024-11-15
申请号：CN202410720498.2
申请日：2024-06-05
Applicant: 上海交通大学医学院附属瑞金医院卢湾分院
Abstract: 本发明涉及中药靶点预测技术领域，提供了一种遗传学驱动的中药靶点预测与评估方法，包括以下步骤：S1：获取待预测慢性复杂疾病的显著性关联SNP位点作为全基因组关联研究数据，识别显著性关联SNP位点调控的关键基因以及关键关联基因，基于显著性关联SNP位点、关键基因和关键关联基因构建基因‑预测因子矩阵，基于基因‑预测因子矩阵识别优先排序基因，基于优先排序基因构建通路交汇网络分析识别关键靶点，基于通路交汇网络识别药物再利用证据；S2：基于关键靶点和药物再利用证据，构建中医药相关数据库网络TCMne t，并对中药复方、中药化合物、疾病治疗方案以及疾病保健方案进行预测。整合分子生物学、中医学、生物信息学，提出了中西医结合研究的新策略。
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公开(公告)号：CN118098341A
公开(公告)日：2024-05-28
申请号：CN202410211789.9
申请日：2024-02-27
Applicant: 上海交通大学医学院附属瑞金医院
Abstract: 本发明公开了一种跨疾病治疗靶标预测方法，包括步骤：基于基因组证据识别多效性基因，通过蛋白互作网络证据识别外围基因，得到预测因子；整合基因和预测因子，对全基因组的靶基因进行优先排序；识别介导分子通路间交汇的基因网络，获得跨疾病治疗靶标预测结果。其中，基因组证据包括多模态调控基因组数据集。网络证据包括蛋白互作知识。在所述识别介导分子通路间交汇的基因网络的步骤中，还包括基于子网络进行高级分析，该分析包括基于通路交汇的扰动去除分析、基于通路交汇的网络功能模块分析和基于通路交汇的跨疾病靶点图谱分析。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN117789815A
公开(公告)日：2024-03-29
申请号：CN202311814940.X
申请日：2023-12-27
Applicant: 上海交通大学医学院附属瑞金医院
Abstract: 本发明公开了一种治疗药物重定向方法，包括利用宿主遗传学关联数据生成靶点指数；基于靶点指数和通路交汇的药物再利用生成药物指数。该靶点指数将宿主遗传学发现转化为具有遗传证据支持的潜在治疗靶点，整合全基因组关联数据、多模态调控基因组学数据和/或分子层面互作关系网络，并根据量化推荐值进行排序。该药物指数的生成，包括从通路衍生的基因相互知识和靶点指数的量化信息中识别通路交汇，进而开展基于通路交汇的药物再利用和进攻分析，以确定若节点去除将对通路交汇的量化影响。
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公开(公告)号：CN116631518A
公开(公告)日：2023-08-22
申请号：CN202310672583.1
申请日：2023-06-08
Applicant: 上海交通大学医学院附属瑞金医院
Abstract: 本发明公开了一种面向组学汇总数据的知识解读引擎系统。包括本体化与分子网络知识库(3)、人机交互模块(4)、基于生物医学本体化知识解读主引擎(1)和基于生物分子关系网络知识解读主引擎(2)；本体化与分子网络知识库用于提供适用于基因、SNP、基因间区域和蛋白结构域的组学汇总数据类型知识解读的数据集；基于生物医学本体化知识解读主引擎和基于生物分子关系网络知识解读主引擎用于从人机交互模块处接收用户输入，依据本体化与分子网络知识库提供的数据对用户输入的组学汇总数据进行解读，最后将解读数据的结果以可视化展示的数据形式返送至人机交互模块。本发明的知识解读引擎系统能帮助生物医学领域科研人员便捷地解读数据。
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公开(公告)号：CN118717999A
公开(公告)日：2024-10-01
申请号：CN202410669838.3
申请日：2024-05-28
Applicant: 上海交通大学医学院附属瑞金医院
IPC: A61K45/06 , A61P35/00 , A61P1/00 , A61K31/7068 , A61K31/661 , A61K31/506
Abstract: 本发明涉及生物医药工程技术领域，提供了脾酪氨酸激酶抑制剂在治疗消化道恶性肿瘤中的应用，优化脾酪氨酸激酶抑制剂(如：福坦替尼)与消化道恶性肿瘤一线化疗药物(如：吉西他滨)联用的效果。实验结果显示SYK抑制剂联合吉西他滨相比吉西他滨单药可以显著抑制肿瘤细胞增殖速度，改善小鼠的生存状态，延长小鼠的生存时间。因此本发明为SYK抑制剂与化疗药物联用在消化道肿瘤治疗效果提供了新的依据。
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公开(公告)号：CN118506878A
公开(公告)日：2024-08-16
申请号：CN202410606825.1
申请日：2024-05-16
Applicant: 上海交通大学医学院附属瑞金医院
Abstract: 本发明公开了一种模式生物组学数据的下游知识解读引擎系统，该系统包括，模式生物组学数据知识库；第一解读主引擎，基于模式生物本体知识解读主引擎，依托模式生物的生物本体知识，该第一解读主引擎接入所述模式生物组学数据知识库；第二解读主引擎，基于模式生物分子网络知识解读主引擎，依托模式生物分子网络知识，该第二解读主引擎接入所述模式生物组学数据知识库；以及人机交互模块，接收检索词，并将检索词输入至第一解读主引擎或第二解读主引擎，接收并展示各解读主引擎的解读结果。所述模式生物组学数据知识库由模式生物的本体知识子库、模式生物的生物分子网络知识子库、模式生物的多模态功能组学知识子库组成。
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公开(公告)号：CN101623277B
公开(公告)日：2014-07-16
申请号：CN200810137653.9
申请日：2008-07-08
Applicant: 上海交通大学医学院附属瑞金医院 , 中国科学院上海生命科学研究院
IPC: A61K31/167 , A61P35/00
Abstract: 本发明涉及芬维A胺或其活性衍生物的新医药用途，具体涉及芬维A胺在制备用于清除或杀灭受试者肿瘤干细胞或用于治疗和/或预防其中以肿瘤干细胞为病灶的肿瘤疾病的药物中的用途。本发明还涉及芬维A胺或其活性衍生物与其它抗肿瘤药联合应用的新用途、包含所述芬维A胺或其活性衍生物与至少一种其它抗肿瘤药的药物组合物、筛选所述其它抗肿瘤药方法、使用所述芬维A胺或其活性衍生物清除或杀灭受试者肿瘤干细胞、尤其造血系统肿瘤干细胞的方法、以及使用所述芬维A胺或其活性衍生物联合其它抗肿瘤药清除或杀灭肿瘤、尤其造血系统肿瘤干细胞和起源于肿瘤、尤其造血系统肿瘤干细胞的肿瘤细胞的方法。
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